Pemberton J . 2008. Wild pedigrees: the way forward. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 275(1635): 613–621.
SSR
微衛(wèi)星是多年來推斷親緣關(guān)系常用的標(biāo)記（Parker et al. 1998; Jones＆Ardren 2003）。它具有其他標(biāo)記類型不具備的特點(diǎn)：單座位信息队寇，共顯性梯啤，由于低頻下的許多等位基因?qū)е碌?strong>高變異性涨冀，通過自動(dòng)化的高通量潛力和適于對(duì)從野生種群獲得的法醫(yī)樣品的分析的短DNA片段。識(shí)別新物種的微衛(wèi)星標(biāo)記是通過從頭發(fā)現(xiàn)或利用其跨物種效用≈渲樱現(xiàn)在通常獲得用于親本分析的基因型只是時(shí)間和金錢的問題妆棒。
【缺點(diǎn)】有時(shí)，微衛(wèi)星很難找到或者多態(tài)性差凯亮。基因分型易于發(fā)生突變（分型錯(cuò)誤）哄尔，且有明顯比例的基因座具有分離無效等位基因（Dakin＆Avise 2004）假消，所有這些都可能引起假親本排除。影響長期研究的技術(shù)問題是微衛(wèi)星等位基因大小在檢測平臺(tái)之間變化岭接。SNP
未來富拗，單核苷酸多態(tài)性（SNPs）可能常用于自然種群的譜系重建。 雖然與微型衛(wèi)星相比信息量少得多鸣戴，但它們存在大量數(shù)據(jù)啃沪，并且與微型衛(wèi)星相比潛在的誤差更小。 因此窄锅，識(shí)別個(gè)體和親本的能力可能非常高（Anderson＆Garza 2006）创千。 目前已經(jīng)為動(dòng)物和人類開發(fā)了單核苷酸多態(tài)性的panel，并且研究證實(shí)了它們與標(biāo)準(zhǔn)微衛(wèi)星相比的有用性（例如Phillips等人2007; Rohrer等人2007）酬滤。
Berger-Wolf T Y, Sheikh S I, DasGupta B, et al. 2007. Reconstructing sibling relationships in wild populations. Bioinformatics, 23(13).
與顯性標(biāo)記如AFLP和ISSR不同签餐，微衛(wèi)星等位基因是共顯性的寓涨，因此每個(gè)基因座的基因型和等位基因頻率的推斷是直接的盯串。 對(duì)于不受大規(guī)模基因組計(jì)劃影響的物種戒良，SNPs的開發(fā)比微衛(wèi)星開發(fā)更加困難和昂貴体捏。 更重要的是，識(shí)別相關(guān)個(gè)體的能力主要取決于每個(gè)基因座的等位基因數(shù)及其雜合度，微衛(wèi)星在兩個(gè)方面明顯優(yōu)于其他標(biāo)記几缭，5-20等位基因和雜合度> 0.700是典型的河泳，如 許多野生種群。
Trong T Q, van Bers N, Crooijmans R, et al. 2013. A comparison of microsatellites and SNPs in parental assignment in the GIFT strain of Nile tilapia (Oreochromis niloticus): The power of exclusion. Aquaculture, 388–391(1): 14–23.
然而年栓，微衛(wèi)星對(duì)基因分型誤差也很敏感拆挥，特別是在自動(dòng)多重系統(tǒng)中（Pompanon et al，2005）某抓。 近年來纸兔，單核苷酸多態(tài)性（SNP）越來越受歡迎（Anderson和Garza，2006; Hauser等否副，2011; Jones et al汉矿，2010; Pemberton，2008）备禀。 主要原因是高通量篩選洲拇，低錯(cuò)誤率（<0.1％）和實(shí)驗(yàn)室與微衛(wèi)星相比標(biāo)準(zhǔn)化更容易和更便宜的事實(shí)（Anderson和Garza，2006）曲尸。 SNP是雙等位基因赋续，與多等位基因微衛(wèi)星相比，它們具有較低的分辨能力另患。 然而蚕捉，這可以通過對(duì)更多數(shù)量的標(biāo)記物進(jìn)行基因分型來補(bǔ)償（Haasl和Payseur，2011; Hess等人柴淘，2011; Wang和Santure柱嫌，2009）。
