本期內容為WGDI：用于基因組復制和核型進化分析的工具包
本文發(fā)表在Mol Plant期刊上鬼雀，詳情可看文章：WGDI: A user-friendly toolkit for evolutionary analyses of whole-genome duplications and ancestral karyotypes
該軟件開發(fā)者是四川大學Liu jianquan課題組，主要是基于Python開發(fā)的工具炕婶，于2023年10月27日發(fā)表在molecular Plant期刊中江醇。
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Abstract
全基因組復制(WGDs)和隨后的核型變化的證據已經在地球上大多數主要的生物體譜系中被檢測到笛钝。為了闡明基因組分析中基因共線性的復雜多層模式顶吮，需要方便而準確的工具箱威彰。為了滿足這一需求，我們開發(fā)了 WGDI (Whole-Genome 復制綜合分析) 掘宪，這是一個基于 Python 的命令行工具蛾扇，可以幫助全面分析遞歸多倍化事件和跨物種基因組比對。WGDI 支持三個主要的工作流程(多倍體推斷魏滚、基因組同源性的等級推斷和祖先染色體核型分析) 镀首，可以改善基于高質量染色體水平基因組的 WGD 檢測和 WGD 相關事件的角色塑造。重要的是鼠次，它可以提取完整的同線性片段更哄，便于重建詳細的核型進化。這個工具包可以在 GitHub上免費獲得腥寇。作為其應用的一個例子成翩，WGDI 令人信服地澄清了 WGD 后藍色 Aquilegia 和葡萄 Vitis vinifera 的核型進化，并拒絕了 Aquilegia 作為核心雙子葉植物異源多倍體起源的親本譜系的假設赦役。
軟件鏈接：https://github.com/SunPengChuan/wgdi
安裝：
Bioconda
pip install -c bioconda wgdi
Pypi
pip3 install wgdi
文章作者還錄制兩個WGDI的使用教程麻敌，分別發(fā)表在B站和YouTube中。
# B站網址
https://www.bilibili.com/video/BV1qK4y1U7eK/
https://www.bilibili.com/video/BV195411P7L1/
# YouTube網址
https://youtu.be/k-S6FVcBIQw
https://youtu.be/QiZYFYGclyE
兩個教程講述的比較詳細扩劝，感興趣的可以自己去觀看庸论。
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在文章中使用的兩個作物進行比較，Aquilegia coerulea和Vitis vinifera進行比較棒呛。
共6張主圖
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