pindel：
需要文件：sort過的bam文件算灸；.fa的參考文件扼劈；config.txt文件（主要是用于標(biāo)準(zhǔn)化bam文件）；bam.bai文件菲驴；.fa.fai文件將這些文件均放在一個(gè)目錄A下
步驟：
①進(jìn)入文件A荐吵，在目錄A中輸入命令：
./pindel -f xxx.fa -i xxxx_config.txt ?-c [chromosome] ?-o [outputfilename]
②則在A目錄下會(huì)出現(xiàn)輸出文件
GATK：
工作原理：
（一）GATK三大步驟：原始數(shù)據(jù)的處理——變異檢測(cè)——初步分析
（二）前期準(zhǔn)備：①軟件：須安裝picard，bwa赊瞬，htslib
②需要文件：fastq文件
（三）原始數(shù)據(jù)處理：
①用bwa mem對(duì)fastq文件進(jìn)行過濾比對(duì)——得到sam文件
②
java -jar /home/lsw/xijiaoda/GATK/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam
