發(fā)簡信
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小鼠轉(zhuǎn)錄組測序上游數(shù)據(jù)分析一础爬、流程概括 RNA-seq原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估 低質(zhì)量測序數(shù)據(jù)的過濾和清除 過濾后數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估 reads比對基因組和轉(zhuǎn)錄組 計數(shù)和定量 二、...
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腫瘤新生抗原預(yù)測軟件和參數(shù)選擇癌癥疫苗靶向腫瘤細(xì)胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關(guān)性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（t...
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免疫組庫分析軟件MiXCR的安裝和使用安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經(jīng)安裝的MiXCR...
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腫瘤TMB的計算原理和數(shù)學(xué)模型
美國FDA目前批準(zhǔn)了3個檢測腫瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT...
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第10章 具有共同參照的雙色實驗
10.1 背景介紹 現(xiàn)在考慮一個雙色微陣列實驗，其中所有的陣列都使用了通用參照茂卦。如果在整個實驗中將相同的通道作為通用參照，則可以對表達(dá)值的log...
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第9章 單通道實驗設(shè)計
9.1 背景介紹 與早期的微陣列不同，大多數(shù)數(shù)據(jù)現(xiàn)在都是單通道類型倡鲸。單通道數(shù)據(jù)來自流行的微陣列技術(shù)，如Affymetrix黄娘，Illumina或A...
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第8章 線性模型概述
8.1 背景介紹 limma軟件包使用稱為線性模型的方法來分析設(shè)計的微陣列實驗峭状。這種方法允許分析非常一般的實驗，就像分析簡單的重復(fù)實驗一樣容易逼争。...
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第7章 過濾
我們通常建議將微陣列平臺上的所有探針進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理优床。 對于下游分析，通常需要刪除那些看起來在任何實驗條件下都不表達(dá)的探針誓焦。這被稱為過濾胆敞。我們一般...
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第6章 雙色數(shù)據(jù)預(yù)處理6.1 背景校正 默認(rèn)的背景校正是從每個點的前景強度減去背景強度。如果RGList對象沒有經(jīng)過背景校正罩阵，那么normalizeWithinArr...