擴(kuò)增子分析中邑雅，rank abundance已經(jīng)是必備的一項(xiàng)分析內(nèi)容坑质，它可以從OTU的層面總體反應(yīng)出物種的分布情況(豐度和均勻度)硬梁，如下圖：
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注：橫坐標(biāo)：OTU 等級(jí)前硫，“500”代表樣本中按照豐度排列第500 位的OTU；縱坐標(biāo)：該等級(jí)OTU 中序列數(shù)的相對(duì)百分含量荧止，即屬于該OTU 的序列數(shù)除以總序列數(shù)屹电，縱坐標(biāo)軸上數(shù)字阶剑，例如“100”代表相對(duì)豐度為100%，“10”代表相對(duì)豐度為10%危号，依次類(lèi)推牧愁。
Rank abundance構(gòu)建方法是統(tǒng)計(jì)單一樣本中，每一個(gè)OTU所含的序列數(shù)外莲，將OTUs按豐度（所含有的序列條數(shù)）由大到小等級(jí)排序猪半，再以O(shè)TU等級(jí)為橫坐標(biāo)，以每個(gè)OTU中所含的序列數(shù)（也可用OTU中序列數(shù)的相對(duì)百分含量）為縱坐標(biāo)做圖苍狰。
Rank abundance曲線(xiàn)可用來(lái)解釋多樣性的兩個(gè)方面，即物種豐度和物種均勻度烘绽。在水平方向淋昭，物種的豐度由曲線(xiàn)的寬度來(lái)反映，物種的豐度越高安接，曲線(xiàn)在橫軸上的范圍越大翔忽；曲線(xiàn)的形狀（平滑程度）反映了樣本中物種的均度，曲線(xiàn)越平緩盏檐，物種分布越均勻歇式。
Rank abundance計(jì)算過(guò)程：
- 獲取每個(gè)樣本中OTU的豐度值，例如從QIIME的otu table中獲取胡野。通俗來(lái)講材失，即搞清楚樣本（如上圖中Group1），中每個(gè)OTU它代表了多少條序列硫豆。
- 將每個(gè)樣本中OTU的豐度值按照從大到小順序進(jìn)行排序龙巨。注意：這步最精華的部分，因此整個(gè)分析過(guò)程叫做rank abundacne!
- 將每個(gè)樣本歸一化熊响，獲取每個(gè)樣本OTU的相對(duì)豐度旨别。例如樣本1中有5個(gè)OTU，豐度分別為5汗茄，4秸弛，3，3洪碳，5递览，那么排序后為5，5瞳腌，4非迹，3，3纯趋，總豐度即sum(5憎兽，5冷离，4，3纯命，3)=20,歸一化后的相對(duì)豐度為5/20=0.25西剥， 5/20=0.25, ... 。
注意：樣本的相對(duì)豐度和其它樣本無(wú)關(guān)亿汞，例如樣本1中有5個(gè)OTU瞭空，樣本2中有7個(gè)OTU，那么樣本1的sum值為這5個(gè)OTU豐度的總和疗我，樣本的sum值為7個(gè)OTU豐度的總和咆畏。 - 對(duì)于每個(gè)樣本， x軸是OTU的種類(lèi)數(shù)吴裤，y軸是對(duì)應(yīng)的OTU的豐度旧找。例如樣本1中有5個(gè)OTU，豐度分別為0.2麦牺，0.25钮蛛，0.25，0.2剖膳，0.15魏颓，0.15（注意：這里是排好序的相對(duì)豐度）。那么按點(diǎn)（1,0.25）,(2,0.25),(3,0.2),(4,0.15),(5,0.15)畫(huà)出梯形圖吱晒， 一般畫(huà)的都是下梯形（和正常的樓梯相似）甸饱。
- 一般會(huì)將y軸取對(duì)數(shù)，要不然會(huì)相當(dāng)難看仑濒。同時(shí)將所有樣本y軸的刻度調(diào)整到一致柜候。這樣就完成了rank abundance圖的繪制。
