更新日期：2018/3/13
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目錄：
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生信分析
- 該如何自學入門生物信息學
- 數(shù)據(jù)下載
- 預(yù)處理
- 如何用bioconductor進行注釋
- 芯片重注釋
- 芯片重注釋（二）
- ID轉(zhuǎn)換大全
- 多個探針對應(yīng)一個基因，取平均值或者最大值
- TCGA ID 轉(zhuǎn)化的小插曲
- 你真的懂Illumina數(shù)據(jù)質(zhì)量控制嗎唆垃？
- 使用trimmomatic對illumina數(shù)據(jù)做質(zhì)控
- 用sickle軟件來對雙端測序數(shù)據(jù)過濾低質(zhì)量reads
- 二代測序數(shù)據(jù)拼接之原理篇
- 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接之應(yīng)用篇
- 如何使用Pysam處理BAM
- 轉(zhuǎn)錄組的高級分析前該如何標準化數(shù)據(jù)五芝？
- 常見組學分析
- RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南
- TCGA專用轉(zhuǎn)錄組流程代碼大放送
- 使用在線最新的KEGG數(shù)據(jù)做富集分析
- GSEA的分析匯總
- RNA-seq這樣畫圖，國自然必得A
- ggtree for microbiome data
- 用NGSCheckMate檢查兩個測序數(shù)據(jù)是否來自于同一個樣本
- 轉(zhuǎn)錄組高級分析合集
- 關(guān)于multiple mapping我想說的
- CS8：Genomic coordination的富集性分析（2）
- CS9: GEO數(shù)據(jù)挖掘
- 【PANDA姐的轉(zhuǎn)錄組入門】擬南芥實戰(zhàn)項目-定量辕万、差異表達枢步、功能分析
- 擬南芥的差異分析結(jié)果注釋
- 基因表達差異篩選中的P值校正
- GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（上）
- 神技能！批量解決哪個轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控你的基因渐尿。
- 一文讀懂泛基因組測序
- Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程
- 850K甲基化芯片數(shù)據(jù)的分析
- 轉(zhuǎn)錄組專題-WGCNA分析
- WGCNA新手入門筆記1（含代碼和數(shù)據(jù)）
- WGCNA新手入門筆記2（含代碼和數(shù)據(jù))
- 甜過初戀醉途！這次是真的批量做TCGA的生存分析
- 伸出我的小腳，將TCGA輕輕絆倒涡戳，然后叉腰哈哈笑
- 下載TCGA所有癌癥的maf文件計算TMB
- 一文讀懂3D基因組之Hi-C及其數(shù)據(jù)處理
- 使用STAR-fusion來對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)找融合基因
- 用deFuse來對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)找融合基因
- 用LeafCutter探索轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可變剪切
- 轉(zhuǎn)錄組定量可以用替換featureCounts代替HTSeq-count
- Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可視化
- ChIP-seq陰陽-正負對照
- lncRNA數(shù)據(jù)分析傳送門
- lncRNA實戰(zhàn)項目-第二步-了解文章及數(shù)據(jù)
- lncRNA實戰(zhàn)項目-第三步-了解參考基因組及注釋文件
- lncRNA實戰(zhàn)項目-第四步-得到表達矩陣的流程
- lncRNA實戰(zhàn)項目-第五步-差異表達的mRNA和lncRNA
- lncRNA實戰(zhàn)項目-第六步-WGCNA相關(guān)性分析
- 參考基因組沒有结蟋，經(jīng)費也沒那么多，怎么辦渔彰？
- 宏基因組學入門四部曲之初識
- 宏基因組學入門四部曲之向前一步
- 宏基因組學入門四部曲之《Assembling the microbial dark matter》閱讀筆記
- 單細胞測序
- 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理綜述
- 單細胞轉(zhuǎn)錄組3大R包之monocle2
- 單細胞轉(zhuǎn)錄組3大R包之Seurat
- 單細胞轉(zhuǎn)錄組3大R包之scater
- 用Expedition來分析單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可變剪切
- 比較不同的對單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)normalization方法
- 比較不同的對單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)尋找差異基因的方法
- 比較不同單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)尋找features方法
- 空間單細胞DNA測序
- 10X genomics單細胞數(shù)據(jù)集探索
- 10x的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)就應(yīng)該這樣處理
- 3500個TNBC單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)重處理
- 軟件與（命令行）工具
- GOSemSim：GO語義相似性度量
- 一個要復(fù)活的R包和一個404的網(wǎng)站
- 生信工作者的工具包
- linux命令行文本操作一文就夠
- bioSyntax:針對生物數(shù)據(jù)的語法高亮
- csvtk - 跨平臺嵌屎、高效推正、實用的CSV/TSV命令行工具
- Make Enriched Heatmaps
- RNAseq reads 分別在3'UTR，CDS以及5'UTR區(qū)域的分布plotprofile——R包Guitar
- HiGlass (http://higlass.io) is an exploratory visualization tool for genomic data
- 學IGV必看的初級教程
- 可能是個生物信息學數(shù)據(jù)超市吧
- 長序列注釋工具:Long Read Annotation (LoReAn)
- 專門分析10x genomic公司的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件套件
- List of RNA-Seq bioinformatics tools - Wikipedia
- 可視化生信分析利器-Galaxy
- GeenMedical2.0：‘‘引用次數(shù)’’排序宝惰，我做到了植榕！
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資源數(shù)據(jù)庫
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- 癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)庫專題-CheckMate
- 癌癥數(shù)據(jù)庫專題-ICGC
- 癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)庫專題-TCGA
- KEGG數(shù)據(jù)庫的rest API(附帶R語言小技巧)
- 癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)庫: Keynote Ontology Clinical Trials
- GENIE：Hi，世界癌癥日尼夺，我有19000例公開腫瘤基因檢測數(shù)據(jù)尊残，你要嗎？
- 數(shù)據(jù)庫專題-LncRNASNP
- LncRNA 數(shù)據(jù)庫專題-LncRNome
- lncRNA數(shù)據(jù)庫專題-lncRNAdb
- lncRNA數(shù)據(jù)庫專題-NONCODE
- 功能數(shù)據(jù)庫專題-GSEA
- 轉(zhuǎn)錄組之GTEx
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數(shù)據(jù)可視化
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R技巧學習與探索
《R語言實戰(zhàn)》及其隨書代碼鏈接：http://pan.baidu.com/s/1eSzT71o 密碼：h2mr
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可視化結(jié)果
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