R入門蝶棋?從Tidyverse學起!

很多人推薦《R語言實戰(zhàn)》這本書來入門R忽妒,當然玩裙,這本書非常不錯,我也是通過這本書開始接觸的R段直。這種入門的學習路徑屬于base R first吃溅,學習的流程基本是先了解變量的類型、數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)鸯檬,再深入點就會學到循環(huán)與自定義函數(shù)决侈。有些類似于先認識編程,再按照數(shù)據(jù)處理喧务、可視化赖歌、統(tǒng)計分析等應(yīng)用方向開始下一個學習的旅程枉圃。但是對于很多人來說,R僅僅是一個可視化工具庐冯,來做出漂亮的圖孽亲,或者是一個可以方便的做回歸分析,生存分析展父,顯著性檢驗的統(tǒng)計工具墨林。那么,tidyverse就提供了一個很好的學習思路(tidyverse first)犯祠,讓我們先忽略編程這道大關(guān),其理念是一開始不談向量酌呆、矩陣衡载、數(shù)據(jù)框、因子隙袁、流程控制等概念痰娱,直接從數(shù)據(jù)的操縱入手,讓初學者在最短時間內(nèi)學會數(shù)據(jù)的處理與可視化應(yīng)用菩收。
有這么一句話“數(shù)據(jù)分析師的80%的時間梨睁,都消耗在數(shù)據(jù)清理上”,清理出可視化和統(tǒng)計分析可以直接使用的數(shù)據(jù)娜饵,往往最費精力和繁瑣的過程坡贺,而tidyverse的一大亮點就是提供非常優(yōu)秀的數(shù)據(jù)清理、整合和可視化的“一站式服務(wù)”箱舞。

tidyverse 是什么

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tidyverse出自于R大神Hadley Wickham之手遍坟,他是Rstudio首席科學家,也是ggplot2的作者晴股。tidyverse就是他將自己所寫的包整理成了一整套數(shù)據(jù)處理的方法愿伴,包括ggplot2,dplyr电湘,tidyr隔节,readr,purrr寂呛,tibble怎诫,stringr, forcats。同時也出了一本《R for Data Science》昧谊,這本書里面也詳細介紹了tidyverse的使用方法刽虹,這本書的電子版獲取方式見微信公眾號本文。

library(tidyverse) will load the core tidyverse packages:

ggplot2, for data visualisation. (畫圖呢诬,可視化數(shù)據(jù))
dplyr, for data manipulation. (操控數(shù)據(jù)涌哲,過濾胖缤、排序等)
tidyr, for data tidying. (清理數(shù)據(jù),轉(zhuǎn)為ggplot可用的格式)
readr, for data import. (從文件中讀取數(shù)據(jù))
purrr, for functional programming. (提供好用的編程函數(shù))
tibble, for tibbles, a modern re-imagining of data frames. (data.frame升級款)
stringr, for strings. (處理字符阀圾,查找哪廓、替換等)
forcats, for factors. (處理因子問題)

tidyverse的安裝也很簡單,在R中輸入以下命令:

#安裝包
install.packages("tidyverse")
#使用前初烘,記得載入包
library(tidyverse)

tidyverse的數(shù)據(jù)處理流程大致分為以下三類:

  1. 數(shù)據(jù)導(dǎo)入
  2. 數(shù)據(jù)整理
  3. 數(shù)據(jù)探索(可視化涡真,統(tǒng)計分析)

數(shù)據(jù)導(dǎo)入

readr:readcsv(); readtsv(); readdelim(); readfwf(); readtable(); readlog();
readxl:readxls(); readxlsx();
haven:打開SAS 、SPSS肾筐、Stata等外部數(shù)據(jù)哆料。

以read_csv為例,把需要分析的數(shù)據(jù)存為csv文件(逗號分隔的文件吗铐,execl文件可以另存為csv文件)东亦,然后R讀取即可:

data <- read.csv("data_for_input.csv")

類似的,readtsv()可以讀取tab分隔的數(shù)據(jù)唬渗,readxls()可以直接讀取execl的數(shù)據(jù)典阵。


數(shù)據(jù)整理

tibble格式

R中的對多變量數(shù)據(jù)的標準保存形式是 dataframe,而tibble是dataframe的進化版镊逝,它有如下優(yōu)點:

  1. 生成的數(shù)據(jù)框數(shù)據(jù)每列可以保持原來的數(shù)據(jù)格式壮啊,不會被強制性改變,即字符串,不會莫名其妙的變成因子格式撑蒜;
  2. 查看數(shù)據(jù)時歹啼,不再會一行顯示不下,多行顯示得非常丑减江;
  3. 數(shù)據(jù)操作速度會更快

如下圖染突,直接查看tibble格式的數(shù)據(jù),可以一目了然的看清數(shù)據(jù)的大小和每列的格式


有兩種方式來創(chuàng)建tibble格式的數(shù)據(jù)
1. 直接創(chuàng)建


2. 其他格式轉(zhuǎn)化辈灼,例如用read.csv讀取的數(shù)據(jù)默認是dataframe格式份企,就可以使用as_tibble轉(zhuǎn)換為tibble格式

管道函數(shù) %>%

在tidyverse中,管道符號是數(shù)據(jù)整理的主力巡莹,它的功能和Linux上的管道符“|”類似司志,可以把許多功能連在一起,而且簡潔好看降宅,比起R的基本代碼更加容易閱讀骂远!

x %>% f(y) means that x is‘piped’ into the function f(x,y)

以R中自帶的iris(鳶尾花數(shù)據(jù)集)為例:

%>% 的作用就是將iris數(shù)據(jù)用于管道后面的head函數(shù)。

dplyr包

dplyr基本包含了我們整理數(shù)據(jù)的所有功能腰根,堪比瑞士軍刀激才,這里介紹以下函數(shù):
filter: filters out rows according to some conditions (根據(jù)條件過濾數(shù)據(jù))
arrange: reorders rows according to some conditions (根據(jù)某一列的數(shù)據(jù)對行排序)
select: selects a subset of columns (只保留部分列的數(shù)據(jù))
mutate: adds a new column as a function of existing columns (增加新的列)
summarise: collapses a data frame to a single row (概述數(shù)據(jù)的統(tǒng)計特征)
group_by: breaks a data frame into groups of rows (對數(shù)據(jù)分組)

1. filter

只選取Species列中,值為virginica的數(shù)據(jù)
(這里也是用到了管道符,將filter函數(shù)作用于iris數(shù)據(jù))

選取Species為virginica瘸恼,并且Sepal.Length大于7.5的數(shù)據(jù)

2. select

只保留Species 和 Sepal.Length 這兩列

除了Species以外劣挫,其他的列都保留

利用管道符,先過濾(filter)东帅,然后只保留Petal.Width函數(shù)(select)

3. mutate

增加一列压固,列名為Sepal.Area,值為width和length相乘靠闭,然后不保留原來的Sepal.Length 和 Sepal.Width兩列

image

4. summarise

下面的例子的summarise中帐我, n() 是統(tǒng)計有多少行的數(shù)據(jù),mean() 函數(shù)是計算平均值愧膀。
利用summarise可以指定統(tǒng)計的列拦键,或者統(tǒng)計方式(求方差,求和等)檩淋,最后得到的結(jié)果形成一個新的數(shù)據(jù)矿咕。

5. summarise & group_by

group_by通常與summarise搭配使用,如果我們需要對不同species的數(shù)據(jù)計算均值狼钮,那么利用group_by指定需要分組的列,summarise就幫我們統(tǒng)計出了結(jié)果捡絮,避免一個一個的去求均值

tidyr包

tidyr的兩個主要函數(shù)是 gather()spread()熬芜。這些函數(shù)允許在長數(shù)據(jù)格式(long data)和寬數(shù)據(jù)格式(wide data)之間進行轉(zhuǎn)換(功能類似于reshape包,但是比reshape更好用福稳,并且可以用于管道%>%連接)涎拉。

gather() 把數(shù)據(jù)從寬數(shù)據(jù)(wide)變成長數(shù)據(jù)(long),指定key的圆,value就做出下面的變換鼓拧,這種長數(shù)據(jù)特別適合用于ggplot2的畫圖中。

spread() 把數(shù)據(jù)從長數(shù)據(jù)(long)還原成寬數(shù)據(jù)(wide)越妈,對比gather()的變換季俩,指定你需要變長的key和value列即可~

image

數(shù)據(jù)探索

可視化:ggplot2

利用ggplot2實現(xiàn)可視化,具體的ggplot2就不做詳細的介紹了梅掠,這里提供ggplot2的速查表(cheatsheet)酌住,可以很方便的知道哪種圖對應(yīng)的ggplot2里面的哪個函數(shù)。原始的cheatsheet pdf版的獲取方式見微信公眾號本文阎抒。

統(tǒng)計:broom

broom是一個用于數(shù)學建模的包酪我,以回歸分析為例,R中的各種回歸分析往往不會返回一個整齊的data frame結(jié)果且叁,而broom 則幫助我們直接將統(tǒng)計結(jié)果轉(zhuǎn)化為data frame格式直接將統(tǒng)計結(jié)果轉(zhuǎn)化為data frame格式都哭。

下圖是一般的回歸分析結(jié)果的格式

下面是broom對 fit 格式化之后的結(jié)果,可以看到是一個方便讀取的data frame格式。

同樣欺矫,也可以與tidyverse中的管道和group_by結(jié)合纱新,批量的做回歸分析,并且得到整理好的結(jié)果汇陆。

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總結(jié)

初學者從tidyverse 入門是一個不錯的使用R的切入方式怒炸,它提供了一整套data science的工具,而且還特別好用毡代。當然阅羹,入門之后如果使用者在未來需要使用R完成更細膩的分析時,再分配較充足的時間學習base R教寂。

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