【影像組學(xué)從0單排】如何處理shape長(zhǎng)度大于3的圖像

處理大量醫(yī)學(xué)影像的時(shí)候,可能會(huì)夾雜一些非CT或者M(jìn)RI的影像涉瘾,從而導(dǎo)致批量的循環(huán)報(bào)錯(cuò)捷兰,比如在一堆CT中摻雜了一個(gè)重建圖像:


重建

通過(guò)讀取文件的header可以看到nii的shape是長(zhǎng)度為5的數(shù)組:

print(nii_image.shape)
(512, 512, 8, 1, 3)

這是提示nii圖像一共由8張重建圖像組成,每張的shape是(512,512,1,3)贡茅,其中的1是指圖像的深度,3是指通道數(shù)赁还。這里可以直接簡(jiǎn)單地去掉深度通道從而生成縮略圖

if len(nii_image.shape)==5:
    slides = nii_image.shape[2]//2
    thumbnail = nii_image[:,:,slides,0,:]
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