很倒霉昼接，電腦壞了衣屏。之前未完成的rna-seq數(shù)據(jù)下載和mcscan不能繼續(xù)進(jìn)行了。
最近要在網(wǎng)上直接下載rna-seq的txt數(shù)據(jù)辩棒，所以主要學(xué)習(xí)一下如何挑選出差異基因，之后進(jìn)行可視化膨疏。
http://www.reibang.com/p/3a0e1e3e41d0
1一睁、挑選出差異基因。
This tutorial shows an example of RNA-seq data analysis with DESeq2, followed by KEGG pathway analysis using GAGE.：
http://www.gettinggeneticsdone.com/2015/12/tutorial-rna-seq-differential.html
2、可視化
由于我們的下載數(shù)據(jù)是rpkm。所以我們直接log2 transform髓棋。
http://www.reibang.com/p/807cf4a969fb
1、MA plot
在DESeq2中，函數(shù)plotMA顯示了一個給定變量對DESeqDataSet中所有樣本的歸一化計(jì)數(shù)均值的log2倍變化豺旬。如果調(diào)整后的p值小于0.1扛拨，點(diǎn)會被涂成紅色。從窗口掉下來的點(diǎn)被畫成向上或向下的開放三角形渴频。
https://en.wikipedia.org/wiki/MA_plot
Several Bioconductor packages, for the R software, provide the facility for creating MA plots. These include affy (ma.plot, mva.pairs), limma (plotMA), marray (maPlot), and edgeR(maPlot)
2场钉、Plot counts
DESeq2提供了一個plotCounts()函數(shù)來查看某一個感興趣的gene在組間的差別批钠。
？plotCounts()來看如何使用
3坡氯、熱圖
我們主要根據(jù)http://www.reibang.com/p/398115d2d2e8來學(xué)習(xí)
heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)
heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)
d3heatmap:用于繪制交互式熱圖的R包
ComplexHeatmap:用于繪制、注釋和排列復(fù)雜熱圖的R&bioconductor包（非常適用于基因組數(shù)據(jù)分析）
1、首先，最簡單的熱圖
使用as.matrix不可以將list轉(zhuǎn)化為矩陣，所以：
usetest<-matrix(unlist(test),6,14)
這里的數(shù)字是可以用rowname和colname語句換成想要的。
簡單換顏色唯鸭，可以加上一句 ?
col <- colorRampPalette(c("red", "white", "blue"))(256)? 在heatmap前
2缭付、增強(qiáng)版
gplots中的heatmap.2
heatmap.2(usetest,scale="column",col=bluered(20),trace = "none",density.info = "none")
對于文本大小的調(diào)節(jié)：
https://www.plob.org/article/10045.html/comment-page-1/
heatmap.2(x, srtCol=0, adjCol = c(0.5,1) )
heatmap.2(x, srtCol=45, adjCol = c(1,1) )舅巷。。媚值。嫡良。。等
這篇文章還講了如何運(yùn)用多種聚類的方法京闰。
今天又畫了一次熱圖
baifen<-read.csv("baifen.csv",header=T)
rownames(baifen)<-baifen[,1]
baifen<-baifen[,-1]
mabaifen<-as.matrix(scale(baifen))
heatmap.2(mabaifen, keysize=1.5,key.title = NA,col=colorRampPalette(c("green","white","red")),scale="none",trace = "none",dendrogram="none",Colv = FALSE,cexCol=1,cexRow=0.8)
