PacBio測序的Bam文件轉(zhuǎn)fasta文件

需求：

PacBio ccs測序下機(jī)數(shù)據(jù)是bam格式的。而組裝軟件一般都需要fasta格式残揉，因此需要將源文件轉(zhuǎn)換成fasta格式雅任。

軟件：

SMRTlink
pacbio官網(wǎng)：https://www.pacb.com/

下載

使用conda

conda create -n smrtlink
conda activate smrtlink
conda install -c hcc smrtlink-tools

使用

conda activate smrtlink
bam2fasta -o output-perfix input.bam
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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