• Linux-0 生信入門(mén)環(huán)境： 講解安裝生信入門(mén)的必要軟件（Git、x-manager雏亚、typora\notepad++、R-studio）及一些R-studio的基本使用。

• Linux-1 學(xué)習(xí)資源介紹：講解入門(mén)Linux的一些開(kāi)始步驟和經(jīng)驗(yàn)新症。

• linux-2 系統(tǒng)認(rèn)知：講解Linux系統(tǒng)的一些特點(diǎn)（交互式、多用戶(hù)）和基本命令（grep响禽、管道徒爹、history、su切換用戶(hù)芋类、登錄 : ssh 用戶(hù)名@ip地址 ）

• Linux-3 去可視化的命令行：
  top:實(shí)時(shí)動(dòng)態(tài)地查看系統(tǒng)的整體運(yùn)行情況隆嗅。
  sleep 10 ：睡眠10秒、
  &：任務(wù)在后臺(tái)運(yùn)行
  ps -ef : 標(biāo)準(zhǔn)格式顯示進(jìn)程
  ifconfig : 顯示或配置網(wǎng)絡(luò)設(shè)備
  ls 侯繁、cd - ：回到上一個(gè)目錄胖喳、tab補(bǔ)全、pwd贮竟、*通配符丽焊、mkdir较剃、touch、echo：內(nèi)容打印到屏幕粹懒、rm重付、mv、cp凫乖、cat确垫、head、>重定向帽芽、Ctrl +c 終止命令
  批量删掀、高效、多用戶(hù) （Linux特點(diǎn)）
  相對(duì)路徑和絕對(duì)路徑
  df -dh : 磁盤(pán)整體使用量

• Linux-4 文本處理：
  wget：從指定的URL下載文件
  wc : word count, 文件的Byte數(shù)导街、字?jǐn)?shù)或是列數(shù)
  head披泪、tail、more（q退出）搬瑰、cat款票、less（-s:單行過(guò)長(zhǎng)超出部分不顯示 - N :顯示每行行號(hào)）
  grep :查找符合模式的行 -n ：列出行號(hào)
  cut ：選擇每行指定位置輸出 sort : 排序
  awk ： https://www.cnblogs.com/ggjucheng/archive/2013/01/13/2858470.html

• Linux-5 軟件安裝：
  1、tr：將一組字符變成另一組字符泽论。
  2艾少、安裝軟件步驟：
  mkdir 軟件名
  cd 軟件名
  wget 安裝包下載地址
  解壓安裝包（unzip/tar....）
  cd 解壓后的目錄
  make

• Linux-7 環(huán)境變量：
  1、方便調(diào)用命令（bowtie2）的使用方法：
  第一種方法：首先賦值： bowtie2=bowtie2命令所在路徑 使用時(shí)： $bowtie2
  第二種方法： 使用 alias bowtie2=bowtie2命令所在路徑 使用時(shí)：bowtie2
  第三種方法： 修改環(huán)境變量 echo $PATH,
  export PATH=bowtie2命令所在路徑/bin:$PATH' >>~/.bashrc
  source ~/.bashrc
  2翼悴、bowtie2的使用：
  建立索引：bowtie2-build .fa文件 索引的前綴
  比對(duì)：
  bowtie2 -x 索引文件前綴 -1 短序列文件（.fq文件） -2 短序列文件（.fq文件） -S 輸出的.sam文件
  bowtie2 -x 索引文件前綴 -U 長(zhǎng)序列文件（.fq文件） -S 輸出的.sam文件

• Linux-8 shell腳本編程：
  1缚够、變量：講解環(huán)境變量
  2、參數(shù)：$0 :Shell本身的文件名 $1-$n : 添加到Shell的各參數(shù)值
  拓展：https://www.cnblogs.com/fhefh/archive/2011/04/15/2017613.html

#創(chuàng)建一個(gè)小腳本鹦赎，內(nèi)容為echo $0谍椅，并運(yùn)行。
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ cat tmp.sh 
echo $0
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ bash tmp.sh 
tmp.sh

#往腳本添加$1 $2 $3古话，并運(yùn)行腳本（后面再添加三個(gè)任意參數(shù)如12 23 34）
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ vi tmp.sh 
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ cat tmp.sh 
echo $0 $1 $2 $3
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ bash tmp.sh 12 23 34 
tmp.sh 12 23 34
#12 23 34 參數(shù)傳入$1 $2 $3雏吭，并被echo出來(lái)。

3陪踩、通配符 ： *：匹配任意長(zhǎng)度任意字符 [ ]：匹配一個(gè)單字符范圍,如[a-z],[0-9]
拓展：https://abcfy2.gitbooks.io/linux_basic/content/first_sense_for_linux/command_learning/wildcard.html

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ ls
2.3  a.1  a.txt  b.txt  s.1  tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo *.txt
a.txt b.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo *.1
a.1 s.1
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo [a-z].1
a.1 s.1

4杖们、標(biāo)準(zhǔn)頭文件（有待進(jìn)一步理解）：
#!/bin/bash
set -e
# Function for script description and usage
usage()
{
cat <<EOF>&2
usage:
。膊毁。胀莹。基跑。
}
5婚温、循環(huán)：for（``:捕獲待了解）、while

#for循環(huán)
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ ls
2.3  a.txt  s.1       tmp.sh   z1.txt  z3.txt  z5.txt  z7.txt  z9.txt
a.1  b.txt  s{i}.txt  z10.txt  z2.txt  z4.txt  z6.txt  z8.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ for i in {3..9};do echo z${i}.txt;done
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt
#捕獲
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ for i in `ls *.txt`;do echo $i;done
s{i}.txt
z10.txt
z1.txt
z2.txt
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt
a.txt:
b.txt:

6媳否、建立軟鏈接：

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do echo $id;done
/home/vip41/tmp/s{i}.txt
/home/vip41/tmp/z10.txt
/home/vip41/tmp/z1.txt
/home/vip41/tmp/z2.txt
/home/vip41/tmp/z3.txt
/home/vip41/tmp/z4.txt
/home/vip41/tmp/z5.txt
/home/vip41/tmp/z6.txt
/home/vip41/tmp/z7.txt
/home/vip41/tmp/z8.txt
/home/vip41/tmp/z9.txt

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do echo $(basename $id);done
s{i}.txt
z10.txt
z1.txt
z2.txt
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do ln -s $id $(basename $id);done
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls -lh
total 0
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 a.txt: -> /home/vip41/tmp/a.txt:
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 b.txt: -> /home/vip41/tmp/b.txt:
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 24 Dec 18 22:18 s{i}.txt -> /home/vip41/tmp/s{i}.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 23 Dec 18 22:18 z10.txt -> /home/vip41/tmp/z10.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z1.txt -> /home/vip41/tmp/z1.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z2.txt -> /home/vip41/tmp/z2.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z3.txt -> /home/vip41/tmp/z3.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z4.txt -> /home/vip41/tmp/z4.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z5.txt -> /home/vip41/tmp/z5.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z6.txt -> /home/vip41/tmp/z6.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z7.txt -> /home/vip41/tmp/z7.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z8.txt -> /home/vip41/tmp/z8.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z9.txt -> /home/vip41/tmp/z9.txt

附：shell十三問(wèn)：http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/what-shell.html
7栅螟、文件 文件描述符
輸入文件—標(biāo)準(zhǔn)輸入（默認(rèn)輸入來(lái)自鍵盤(pán)） 0
輸出文件—標(biāo)準(zhǔn)輸出（默認(rèn)輸出到屏幕） 1
錯(cuò)誤輸出文件—標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤（默認(rèn)輸出到屏幕） 2

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat tmp.sh
cd ghkyu
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh
tmp.sh: line 1: cd: ghkyu: No such file or directory
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh 2>result.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat result.txt 
tmp.sh: line 1: cd: ghkyu: No such file or directory

8荆秦、命令替換：
1 ).``(反引號(hào)，電腦鍵盤(pán)Esc下面的那個(gè)鍵)
2 ).$()命令

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat tmp.sh 
export bed=afaf
echo $bed
echo `date`
echo $(date)

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh 
afaf
Tue Dec 18 23:18:27 CST 2018
Tue Dec 18 23:18:27 CST 2018

9.進(jìn)程替換：http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/what-shell.html

• Linux-9 腳本要學(xué)好：
  1力图、整體思路：
  配置文件出現(xiàn)問(wèn)題（左端測(cè)序文件和右端測(cè)序文件不匹配）-->查看已比對(duì)好的.bam文件（正常大小以G為單位）步绸，發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)幾k的文件-->由于兩個(gè)樣本的FQ雙端文件匹配錯(cuò)誤，導(dǎo)致.bam文件生成失敵悦健（幾k的.bam文件）-->將錯(cuò)誤的fq配置文件正常排序瓤介，重新配置文件（24個(gè)），再重新進(jìn)行比對(duì)赘那。

圖片發(fā)自簡(jiǎn)書(shū)App

圖片發(fā)自簡(jiǎn)書(shū)App

2刑桑、命令解析：
1）grep 'NT-2' config.mapping | cut -f 1 | cut -d "-" -f 1 | sort | uniq -c | grep -w 1 | awk '{print $2}' > onceid : 從config.mapping提取含NT-2的文件，在對(duì)其切割（cut）募舟，指定第一列顯示（-f 1）祠斧，再對(duì)第一列以-切割（-d"-"）顯示第一列，再排序（sort）拱礁，去除重復(fù)出現(xiàn)的行（uniq）在行前顯示重復(fù)次數(shù)（-c）匹配只有重復(fù)出現(xiàn)一次的文件（grep -w 1）并輸出（ awk '{print $2}' ）琢锋，導(dǎo)入到onceid文件中。（出現(xiàn)過(guò)一次的文件需要剔除呢灶，因?yàn)橐粋€(gè)比對(duì)需要兩個(gè)fq文件）
2吴超、grep -v -f onceid wrong.sampleid | wc: 從wrong.sampleid文件中查找onceid文件中的內(nèi)容（-f onceid wrong.sampleid），再反選（-v）即不是onceid的內(nèi)容填抬，再統(tǒng)計(jì)個(gè)數(shù)烛芬，結(jié)果為24個(gè)需要重新比對(duì)的文件（實(shí)際比對(duì)12次）
3、

grep -v -f onceid wrong.sampleid > tmp
mv tmp wrong.samlieid

: 將需要比對(duì)的文件導(dǎo)入到tmp并重命名為wrong.samlieid飒责。
4赘娄、sort -t "_" -k 1,1 fq2 : 以下劃線分割，第一個(gè)下劃線前為第一列宏蛉，下劃線后的內(nèi)容為下一列遣臼。指定排序?yàn)榉指詈蟮牡谝涣校?code>1,1：指定起始列和終止列都為第一列（第一列和第二列長(zhǎng)度可能不同，所以需要指定起始列和終止列）拾并。

Linux-10 文本處理：
grep
-f : 指定范本文件file,每一行是一個(gè)查找模式揍堰。空的file文件未指定查找模式嗅义。
-w : 只有完全符合該字的行才會(huì)被輸出
-c : 統(tǒng)計(jì)與wc命令一樣
-v : 匹配但是不打印出來(lái)

tr : 轉(zhuǎn)換文件中的字符
例：tr '\t' '\n' 把制表符換成換行符

cut -f : 輸出指定位置處的字節(jié)
如： cut -f 1, 31-32 , 40 info :
默認(rèn)以制表符為分隔屏歹，分割并打印出info文件的 第一列 第31列到32列 第40列
-d ‘；’ ：指定分隔符（之碗；）

sed 's///g' : 替換分隔符
如：sed 's/蝙眶；/\t/g' : 將分隔符的分號(hào)換成\t

paste -s -d + | bc
-s 將每個(gè)文件合并成行而不是按行粘貼
-d 指定不同于空格或tab鍵的域分隔符。
| bc : 在前面指定表達(dá)式就會(huì)幫助你算出來(lái)

awk'{print $1}" tmp : 打印出第一列

linux-12 數(shù)據(jù)格 : http://www.reibang.com/p/b000a2f0679f

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  B站鏈接：https://m.bilibili.com/space/338686099
• 學(xué)徒培養(yǎng)詳見(jiàn)：https://mp.weixin.qq.com/s/3jw3_PgZXYd7FomxEMxFmw