前言
關(guān)于蛋白質(zhì)組學(xué)框舔，你是不是已經(jīng)聽(tīng)了太多公司的宣講蹦玫，介紹了一大堆的技術(shù)名詞，反而越聽(tīng)越懵懂刘绣，腦袋一團(tuán)亂麻樱溉？就和傳話游戲一樣，當(dāng)我們接收了多手信息以后纬凤，得到的信息就越不準(zhǔn)確福贞。那么，何不自己看一看第一手信息呢停士？比如說(shuō)DIA挖帘。
這里只推薦兩篇綜述。
第一篇是蛋白質(zhì)組學(xué)泰山北斗的Ruedi Aebersold和Matthlas Mann合作發(fā)的恋技，該文不止介紹DIA拇舀，是對(duì)整個(gè)目前蛋白質(zhì)組的bottom-up得研究策略做的一個(gè)總結(jié)和展望。
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整個(gè)bottom-up的蛋白質(zhì)組學(xué)研究流程如下圖所示：
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第二篇也是Ruedi寫(xiě)的蜻底，特別針對(duì)DIA的綜述骄崩，值得一讀。雖然兩篇文章都是三四年前發(fā)的薄辅，但整個(gè)領(lǐng)域這幾年也沒(méi)什么太大的進(jìn)步要拂，依舊可以當(dāng)成新的看。
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個(gè)人厘清：
- 大佬們把當(dāng)前bottom-up的蛋白質(zhì)組學(xué)研究分為三種類型：DDA站楚、靶向和DIA脱惰，DDA研究的蛋白覆蓋廣，靶向研究準(zhǔn)確性高窿春，而DIA研究結(jié)合了兩者的優(yōu)點(diǎn)（實(shí)際上是有爭(zhēng)議的拉一，尤其在譜圖解析的速度和準(zhǔn)確性上）采盒。
- DDA（Data Dependent Acquisition）和DIA（Data Independent Acquisition）只是兩種數(shù)據(jù)采集模式，即離子全采集還是部分采集舅踪，而非某種具體的蛋白質(zhì)定量方法（如DDA labelfree纽甘、iTRAQ等）。其方法是：將整個(gè)質(zhì)譜掃描質(zhì)量范圍分為若干小窗口抽碌，依次對(duì)每個(gè)窗口的所有離子進(jìn)行碎裂悍赢，使其能夠?qū)呙鑵^(qū)間內(nèi)的所有肽段離子進(jìn)行高速一級(jí)MS掃描，再進(jìn)行二級(jí)MS/MS分析货徙。
- SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical Mass Spectra）只是若干DIA技術(shù)中的一種左权，由ETH Zürich的Ruedi Aebersold團(tuán)隊(duì)與AB SCIEX公司合作開(kāi)發(fā)。同時(shí)期還有Waters公司也開(kāi)發(fā)了一種叫全信息串聯(lián)質(zhì)譜（MSE）的DIA技術(shù)痴颊，不過(guò)現(xiàn)在沒(méi)怎么聽(tīng)說(shuō)了赏迟。因?yàn)镽uedi是和AB公司合作的，所以質(zhì)譜儀用的QTOF蠢棱，專門(mén)開(kāi)發(fā)出這樣一種SWATH采集模式锌杀，相應(yīng)的Ruedi團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一個(gè)叫openSWATH的軟件用來(lái)解析譜圖（我們從上面綜述可以看出）。所以人們就把DIA和SWATH這兩個(gè)名詞混用了泻仙。
- Thermo Fisher公司不甘示弱糕再，利用自己分辨率強(qiáng)大的Orbitrap質(zhì)譜儀也開(kāi)發(fā)出這樣一種全掃模式，并且干脆不起名字玉转，就叫DIA突想，后來(lái)還搞了個(gè)升級(jí)版本，將多重累積技術(shù)與 DIA 相結(jié)合究抓，稱之msxDIA猾担，當(dāng)然為了凸顯自己的優(yōu)勢(shì)，總是不忘和QTOF做對(duì)比刺下，提提SWATH的缺點(diǎn)绑嘹。這樣一來(lái)，名稱上就顯得更加混亂了橘茉，現(xiàn)在大家默認(rèn)為新技術(shù)是DIA圾叼，舊的是SWATH，其實(shí)就只是儀器不同而已捺癞。但Thermo可沒(méi)有Ruedi的加持，只有自己主要做DDA數(shù)據(jù)的配套軟件Proteome Discoverer來(lái)解析當(dāng)然不行构挤，于是引入Skyline 軟件（華盛頓大學(xué) MacCoss 教授開(kāi)發(fā)髓介，主要是做靶向蛋白質(zhì)組學(xué)），通常做法就是用PD建庫(kù)筋现，用Skyline解析唐础。當(dāng)然openSWATH也是可做Orbitrap數(shù)據(jù)的箱歧。
DIA工具
DIA數(shù)據(jù)解析需要用到的工具現(xiàn)如今也是越來(lái)越多的，但好用的也沒(méi)幾個(gè)一膨，不完全統(tǒng)計(jì)如下呀邢。
1.建庫(kù)軟件
主要是平時(shí)用的蛋白搜庫(kù)軟件，如：
- MaxQuant
- pFind
- Comet
- Mascot
- X!Tandem
- Proteome Discoverer
- Sequest
- MS GF+
- OMSSA
- MSFragger
- DeepMass
- Prosit
- pDeep
- SpectraST
- iSwathX
- specL
- DeepRT
2. 依賴庫(kù)的DIA軟件
- OpenSWATH（用的較多豹绪，免費(fèi)開(kāi)源价淌，Linux）
- EncyclopeDIA
- Scaffold DIA
- Skyline（用的較多，免費(fèi)瞒津，Win）
- Spector
- Percolator
- PyProphet
3. 用不用庫(kù)都可以的DIA軟件
- DIA-NN（去年新發(fā)NM蝉衣，深度學(xué)習(xí)方法，有潛力）
- Spectronaut（用的較多巷蚪，準(zhǔn)確性高病毡，速度慢，收費(fèi)屁柏，Win）
- PEAKS（收費(fèi)啦膜，可做denovo，Linux或云服務(wù)器）
4. 無(wú)需庫(kù)的DIA軟件
- DIA-Umpire
- PECAN
- Group-DIA
5. 做統(tǒng)計(jì)驗(yàn)證的軟件
- mProphet
- pyProphet
- Percolator
以上工具部分參考了西湖大學(xué)郭天南老師的課件淌喻，祝文章早日見(jiàn)刊僧家！
