寫在前面
昨天建立了TBtools使用交流群-5氨淌，很快就快200人。主要還是感謝大家?guī)褪滞茝V伊磺。剛才看到一個有趣的問題盛正，正好，我手上在等一個流程的運行屑埋，那就大體寫寫豪筝。
TBtools輸出的基因結(jié)構(gòu)和GSDS_v2輸出的基因結(jié)構(gòu)不一樣？
以下貼圖
大體就是這位朋友或許并不相信TBtools的輸出摘能，我早已習(xí)慣這類续崖，所以也沒有太多脾氣（其實不相信的，就不要用就行啦）团搞。
GSDS是非常老牌的網(wǎng)頁工具严望，功能強(qiáng)大，非常適合用于做基因結(jié)構(gòu)展示莺丑，我本人非常仰慕這個網(wǎng)站的作者以及其維護(hù)團(tuán)隊著蟹。在我剛剛接觸生物信息數(shù)據(jù)時墩蔓，那會我還幫忙一個師兄本地化了GSDS網(wǎng)站。
這是一個相對繁瑣或者復(fù)雜的操作萧豆，主要是系統(tǒng)環(huán)境的配置等等奸披。但無論如何是需要本地化這個網(wǎng)站的，因為這個GSDS是面對全世界的互聯(lián)網(wǎng)用戶的涮雷，所以負(fù)載是一個問題阵面。這個跟一些云平臺一樣，如果你不進(jìn)行收費或者從其他方面變現(xiàn)洪鸭，那么純粹的公益样刷，是非常難堅持的。當(dāng)然览爵，也還有一種做法置鼻，就是量力而行。公益可以做蜓竹，但是保證在能力范圍內(nèi)箕母。所以大多數(shù)網(wǎng)頁服務(wù)類網(wǎng)站，會對用戶的輸入進(jìn)行一定的限制俱济。GSDS對基因的數(shù)目還是文件大小有一定的限制嘶是，超出這個限制，用戶需要自行本地化一個蛛碌。事實上聂喇，我認(rèn)為該團(tuán)隊能維護(hù)這個網(wǎng)頁服務(wù)至今，著實很不容易蔚携。
直到后面希太，我看到課題組有師妹需要做基因結(jié)構(gòu)可視化，想來這個東西事實似乎并不復(fù)雜浮梢，于是我就在TBtools里面寫了一個基因結(jié)構(gòu)可視化功能（純粹的Java碼從零實現(xiàn)跛十，與GSDS無關(guān)）。我當(dāng)然沒想到秕硝，很快會有一些使用人群芥映。用戶的增加，加上使用交流群的活躍远豺。
我自認(rèn)為奈偏，基于用戶的反饋意見，目前這個工具很穩(wěn)健躯护，而且功能似乎也是比較完善惊来。
回到主題
事實上，我確實沒看明白這位朋友提出的問題棺滞。后續(xù)他給出另外的信息
我仍然沒看懂裁蚁，不過我事實上認(rèn)為：
- GSDS v2 幾乎不可能有問題矢渊，所以他沒錯
- TBtools 這個功能經(jīng)過數(shù)百上千人測試，也不會有錯
- 那么就只有他錯
事實如下
問題其實很簡單枉证，他將同一個gff文件輸入到GSDS和TBtools矮男，然后得到了看起來并不相同的結(jié)果：
- GSDS 只顯示Exon
- TBtools 顯示了CDS，也顯示了UTR
那么問題就在于室谚，用戶提供的文件里面毡鉴，并沒有UTR
但這正是TBtools開發(fā)過程中我個人的一些想法的融入
TBtools在基因結(jié)構(gòu)可視化上的考慮
雖然我使用過GSDS，不過我并沒有去研究過源碼秒赤。事實上猪瞬，我很少看別人的源碼，因為我真的看不懂入篮。那次的使用經(jīng)驗告訴我陈瘦，如果我來寫一個工具，那么我會考慮其他一些相對常見的情況：
- gff3/gtf文件崎弃，兩種格式應(yīng)該同時自動支持
- 不應(yīng)該由用戶自行準(zhǔn)備gff3或gff文件的子集甘晤，因為文件可能很大，比如100Mb饲做，從其中抽取子集，可能會有麻煩遏弱。所以應(yīng)該允許用戶直接提供原始的gff3或GTF文件盆均，軟件自動完成提取并可視化
- 基因結(jié)構(gòu)的展示，常常主要目的是看編碼區(qū)域的變化漱逸，所以CDS是一個核心泪姨。加入一個文件只有CDS和mRNA，那么應(yīng)該考慮兩者的邊界饰抒，如果邊界不一致肮砾，那么問題很簡單，剩余的部分是UTR袋坑。所以在上述情況下仗处，TBtools自動計算出UTR
- 蛋白結(jié)構(gòu)域坐標(biāo)應(yīng)該支持自動映射到基因外顯子內(nèi)含子坐標(biāo)
- ....
事實上，還有很多枣宫。TBtools當(dāng)然也支持非編碼序列的基因結(jié)構(gòu)可視化婆誓，那種情況就只有Exon。
大體上也颤，用一張圖來說明TBtools就基因結(jié)構(gòu)可視化的一些特點
請注意洋幻，圖形是可以交互了。你可以快速的批量的：
1.修改顏色
2.修改字體
3.修改性狀
4.....
寫在后面
用了半個小時翅娶，寫了一個推文文留『梦ǎ總的來說，沒有一個工具是完美的燥翅，但是有一些工具是活著的渠啊。
