前言

生物信息學(xué)與基因組分析入門

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生物信息學(xué)結(jié)合生物學(xué)、計算機科學(xué)和統(tǒng)計學(xué)等學(xué)科的方法商膊,以實現(xiàn)對海量生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的分析與解讀尼夺,從而揭示生命的奧秘。隨著基因組測序技術(shù)的快速發(fā)展仗嗦,以及大數(shù)據(jù)處理和人工智能技術(shù)的廣泛應(yīng)用,生物信息技術(shù)在遺傳病預(yù)防甘凭、病原體檢測(pathogen detection)稀拐、腫瘤診斷(cancer diagnostics)及藥物開發(fā)等方面都有重要的應(yīng)用。目前生物信息技術(shù)已經(jīng)逐漸走進人們的生活丹弱,如個性化醫(yī)療服務(wù)等德撬。

  • 生物信息學(xué)(bioinformatics) = 生物學(xué)(biology) + 計算機科學(xué)(computer science) + 統(tǒng)計學(xué)(statistics)
Venn-diagram-bioinformatics

本站是教材[3]的配套電子書铲咨,提供紙質(zhì)教材的擴展內(nèi)容或更新。該教材是在本人近幾年給生物蜓洪、食品工程專業(yè)學(xué)生講授生物信息學(xué)課程的基礎(chǔ)上整理編撰而成纤勒,全書共有18章,可分為三部分:

  • 第1隆檀、2與18章分別對應(yīng)生物學(xué)摇天、計算機科學(xué)與統(tǒng)計學(xué)的基礎(chǔ)知識;
  • 第3-12章為生物信息學(xué)的基本理論與方法恐仑,介紹DNA泉坐、RNA或蛋白質(zhì)序列分析;
  • 第13-17章介紹下一代測序(NGS)數(shù)據(jù)分析方法及其應(yīng)用裳仆,如genome assembly, SNP detection, RNAseq, metagenomics腕让。

每章內(nèi)容適用于一次教學(xué)課時(1.5h),可根據(jù)不同教學(xué)課時(如15/16周)選講部分章節(jié)內(nèi)容歧斟,其它內(nèi)容供學(xué)生自學(xué)纯丸。另外,生物信息學(xué)是一門實踐性很強的課程构捡,因此一般課堂講授11-12個課時液南,上機實踐練習(xí)3-4個課時。本教材的推薦教學(xué)安排如下圖所示:


Teaching-Plan-bioinformatics

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配套資源:

參考書:

  1. Dan Krane & Michael Raymer(孫嘯等譯), Fundamental Concepts of Bioinformatics (生物信息學(xué)概論), 2004, 清華大學(xué)出版社.
  2. Jamil Momand & Alison McCurdy, Concepts in Bioinformatics and Genomics, 2016, Oxford University Press.
  3. 李余動編著滑凉,生物信息學(xué)與基因組分析入門,2021喘帚,浙江大學(xué)出版社.
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