????????今天和大家分享的是2020年3月發(fā)表在Journal ofCancer（IF：3.182）上的一篇文章，“The immune infiltration in clear cell Renal CellCarcinomaand their clinical implications: A study based on TCGA and GEO databases”儡嘶，作者使用GEO和TCGA數(shù)據(jù)集研究了腎透明細(xì)胞癌中免疫浸潤(rùn)細(xì)胞的情況，并與正常組織進(jìn)行了對(duì)比绢涡，通過(guò)生存分析研究了其臨床意義。
The immune infiltration in clear cell Renal Cell?Carcinoma?and their clinical implications: A study based on TCGA and GEO databases腎透明細(xì)胞癌的免疫浸潤(rùn)及其臨床意義：一項(xiàng)基于TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的研究
https://space.bilibili.com/400148106
一著角、 研究背景
????????腫瘤微環(huán)境由腫瘤細(xì)胞、各種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞捡硅、成纖維細(xì)胞秉继、許多細(xì)胞因子和催化因子組成潘明，是一個(gè)動(dòng)態(tài)平衡的復(fù)雜系統(tǒng)。免疫應(yīng)答在腫瘤生長(zhǎng)秕噪、侵襲和轉(zhuǎn)移中起重要作用，因此腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞（TIICs）可以成為化療放射治療的靶點(diǎn)厚宰。本篇文章中腌巾，作者用CIBERSORT網(wǎng)頁(yè)工具研究了腎透明細(xì)胞癌（ccRCC）中的免疫浸潤(rùn)細(xì)胞及其臨床意義。
二铲觉、 分析流程
三澈蝙、 結(jié)果解讀
1. ccRCC中的免疫浸潤(rùn)環(huán)境
用CIBERSORT比較腫瘤組織和正常匹配組織中22種腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞（TIICs）情況。（圖1）
圖1.比較ccRCC和正常匹配組織中22種TIICs
與正常匹配腫瘤組織相比撵幽，ccRCC中CD8+T細(xì)胞灯荧，濾泡輔助T細(xì)胞（Tfh），調(diào)節(jié)T細(xì)胞（Treg）盐杂，巨噬細(xì)胞M0逗载，M1和中性粒細(xì)胞更多；而初始B細(xì)胞链烈，初始CD4+T細(xì)胞厉斟，靜息CD4記憶T細(xì)胞，單核細(xì)胞强衡，靜息樹(shù)突狀（DC resting）細(xì)胞和靜息肥大細(xì)胞相對(duì)較少擦秽。
用Pearson相關(guān)系數(shù)分析TIICs間的相關(guān)性，其中CD8+T細(xì)胞與Tfh呈強(qiáng)正相關(guān)漩勤，與靜息記憶性CD4+T細(xì)胞呈強(qiáng)負(fù)相關(guān)感挥，與巨噬細(xì)胞M2中等負(fù)相關(guān)。（圖2）
圖2.ccRCC中不同TIICs間相關(guān)性熱圖
2.腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞（TIICs）亞群的臨床意義鑒定
作者通過(guò)單變量Cox回歸分析研究了特異TIICs和ccRCC總體生存率之間是否存在存在統(tǒng)計(jì)學(xué)關(guān)系越败。（CIBERSORT篩選p<0.05的數(shù)據(jù)触幼，得到418個(gè)包含總體生存率的病人數(shù)據(jù)，并且計(jì)算了中位TIICs亞群風(fēng)險(xiǎn)比HR和95%置信區(qū)間）（圖3）
8個(gè)預(yù)后相關(guān)TIICs：靜息和激活的樹(shù)突狀細(xì)胞眉尸，靜息和激活的肥大細(xì)胞域蜗，嗜酸性粒細(xì)胞與較好預(yù)后相關(guān)；而記憶B細(xì)胞噪猾，Tfh和Treg與不良預(yù)后相關(guān)霉祸。
圖3.22種TIICs與預(yù)后的關(guān)系
用Log-rank檢驗(yàn)方法繪制預(yù)后相關(guān)TIICs的的Kaplan-Meier曲線(xiàn)。（圖4）
圖4.預(yù)后相關(guān)TIICs的的生存曲線(xiàn)
研究不同免疫細(xì)胞和ccRCC病理分級(jí)的關(guān)系：靜息DC袱蜡，靜息肥大細(xì)胞丝蹭，單核細(xì)胞和靜息CD4+記憶性T細(xì)胞隨腎癌Fuhrman分級(jí)增加而減少；而CD8+T細(xì)胞坪蚁，Tfh奔穿，Treg和巨噬細(xì)胞M0隨Fuhrman分級(jí)增加而增加镜沽。（圖5）
圖5.免疫細(xì)胞與ccRCC Fuhrman分級(jí)的關(guān)系
小結(jié)
????????本篇文章中，作者利用CIBERSORT網(wǎng)頁(yè)工具從ccRCC腫瘤轉(zhuǎn)錄組推測(cè)22種TIICs亞群的浸潤(rùn)比例贱田，并結(jié)合預(yù)后結(jié)果來(lái)推測(cè)其臨床意義缅茉。
????????以往研究表明，當(dāng)腫瘤組織中存在功能成熟的DC時(shí)男摧，CD8+T細(xì)胞與良好預(yù)后相關(guān)蔬墩。本文中，ccRCC中CD8+T細(xì)胞浸潤(rùn)與不良預(yù)后相關(guān)耗拓，靜息和激活DC與良好預(yù)后相關(guān)拇颅。這些結(jié)果共同表明，DC可能參與抑制T細(xì)胞乔询，有望成為聯(lián)合治療的靶點(diǎn)樟插。研究表明Treg和M2有促腫瘤作用，而本文中ccRCC CD8+T細(xì)胞竿刁，Treg黄锤，Tfh隨著Fuhrman分級(jí)增加而增加，且CD8+T與M2間存在負(fù)相關(guān)们妥，說(shuō)明M2猜扮，Treg，Tfh可能在T細(xì)胞耗竭中起“檢查與平衡”的作用监婶。
Limitation：
????????作者為了擴(kuò)大樣本量旅赢，結(jié)合了TCGA和GEO數(shù)據(jù)，但這樣可能會(huì)影響結(jié)果的可重復(fù)性惑惶。其次煮盼，本篇文章結(jié)果是基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)和計(jì)算機(jī)算法完成的，因此結(jié)果的準(zhǔn)確性仍需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)來(lái)驗(yàn)證带污。
