0. 需要手動(dòng)安裝的包：stringi，安裝方法見(jiàn)此鏈接：服務(wù)器更新R版本/包安裝
0-1 MobaXterm無(wú)法打開(kāi)選擇cran鏡像報(bào)錯(cuò)：
[tcl] grab failed: window not viewable.
解決方法：
運(yùn)行：chooseCRANmirror(graphics=FALSE) 即可在頁(yè)面中選擇鏡像。
1. 需要在conda forge里完成安裝的包：
首先桶略，conda activate environmentname
安裝命令：conda install -c conda-forge r-{packagename}
包名稱包括：
hdf5r；rhdf5filters扇商；arrow（AUCell的依賴包）xml2歌憨；ragg衣陶；httr解阅；curl落竹；Cairo；evalulate
terra瓮钥，units筋量，sf(for monocle3)
2. 需要在Bioconductor中完成安裝的包（BiocManager::install({packagelist}))：
AUCell；GENIE3碉熄；RcisTarget（SCENIC的依賴包）桨武；
clusterProfiler
monocle
ComplexHeatmap
MetaNeighbor
Biostrings
celldex(SingleR)
SingleR
batchelor(for monocle3)
3. 需要用install.packages完成安裝的包：
ade4；vegan（ggcor依賴）
ggpubr
Seurat
SingleCellExperiment
jaccard
EnhancedVolcano
hash
msigdbr
c( "ggrastr", "grr", "pbmcapply", "pscl", "rsample", "RhpcBLASctl", "spdep", "speedglm", "terra")--for monocle3
4. GitHub上的包：如果服務(wù)器可以鏈接github锈津，可以直接用devtools安裝呀酸，鏈接不上可以先手動(dòng)下載master文件夾，解壓縮琼梆，再用以下方法安裝：
install.packages({packagename},type="source",repos=NULL)
需要安裝的包包括：SeuratDisk性誉，ggalt，SCENIC茎杂；DoubletFinder错览；hdWGCNA；easyPubMed; monocle3
注意事項(xiàng)：
1) 安裝的時(shí)候煌往，先完成0和1中的步驟倾哺，R中的大多數(shù)包都可以自動(dòng)完成依賴包的安裝。如果安裝失敗再參考報(bào)錯(cuò)信息更正刽脖。
2) 在選擇cran的時(shí)候羞海，如果網(wǎng)絡(luò)允許盡量選第一個(gè)的原始網(wǎng)站，有些包在鏡像網(wǎng)站可能下不到曲管。
docker-ubuntu下R包的安裝：
1. igraph：安裝時(shí)沒(méi)有報(bào)錯(cuò)却邓，load的時(shí)候報(bào)錯(cuò)，libglpk.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
解決方法：
apt-get install?glpk-utils libglpk-dev glpk-doc
2. sf：類似問(wèn)題院水，報(bào)錯(cuò)：libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
apt-get install libudunits2-dev
apt-get install libproj-dev
apt-get install libproj-dev
apt-get install libgdal-dev
