JCO Precision Oncology |RNA測(cè)序?qū)崿F(xiàn)癌癥的基因融合檢測(cè)
原創(chuàng)?圖靈基因?圖靈基因?
收錄于話題#前沿分子生物學(xué)技術(shù)383個(gè)
近20%的癌癥和轉(zhuǎn)移是由基因融合導(dǎo)致的——染色體重排導(dǎo)致嵌合轉(zhuǎn)錄烁落。這使得基因融合檢測(cè)對(duì)于準(zhǔn)確診斷寝殴、預(yù)后和治療至關(guān)重要盏袄。然而癣朗，目前的診斷方法购桑，如RT-PCR（逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)）、FISH（熒光原位雜交）纺棺、核型分析和SNP（單核苷酸多態(tài)性）陣列携栋，往往無法檢測(cè)基因融合。
荷蘭Máxima公主中心科學(xué)家的一項(xiàng)新研究表明挖垛，RNA測(cè)序可以克服傳統(tǒng)診斷方法在識(shí)別基因融合方面的局限性痒钝。研究人員對(duì)24個(gè)已知基因融合事件的樣本進(jìn)行了RNA測(cè)序，以驗(yàn)證他們的方法痢毒，然后除了常規(guī)診斷程序外送矩，還對(duì)244名患者進(jìn)行了前瞻性RNA測(cè)序。
他們的研究結(jié)果發(fā)表在《JCO Precision Oncology》雜志上的一篇題為“Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing”的文章中哪替。該研究由NWO栋荸、KiKa和Adesium基金會(huì)資助。
“在前瞻性隊(duì)列研究的244例病例中，我們發(fā)現(xiàn)了83例與臨床相關(guān)的基因融合晌块“担”作者指出。這244例病例包括來自2018年底至2019年中期間被轉(zhuǎn)診到Máxima公主中心的疑似癌癥兒童的組織樣本匆背。
研究人員通過常規(guī)診斷技術(shù)和RNA測(cè)序發(fā)現(xiàn)了60個(gè)融合呼伸，僅通過常規(guī)診斷就發(fā)現(xiàn)了一個(gè)融合。然而钝尸，RNA測(cè)序能夠檢測(cè)到常規(guī)診斷無法檢測(cè)到的24個(gè)融合蜂大，將診斷率提高了38%–39%。與大多數(shù)常規(guī)技術(shù)相比蝶怔，RNA測(cè)序具有識(shí)別參與基因融合的兩個(gè)基因伙伴的額外優(yōu)勢(shì)。
“RNA測(cè)序以前已經(jīng)使用過兄墅，但僅限于病情嚴(yán)重且標(biāo)準(zhǔn)治療已經(jīng)不起作用的兒童踢星。在我們位于Máxima公主中心的研究醫(yī)院中，我們已經(jīng)將RNA測(cè)序應(yīng)用到標(biāo)準(zhǔn)診斷中隙咸。我們的新研究表明沐悦，這種方法正在取得成效∥宥剑”Máxima公主兒科腫瘤中心診斷實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人藏否、該研究的共同負(fù)責(zé)人、醫(yī)學(xué)博士Bastiaan Tops說充包，“因?yàn)槲覀兛梢栽谠\斷時(shí)查看兒童腫瘤的完整遺傳圖譜副签，我們可以立即與兒童的醫(yī)生討論治療可能產(chǎn)生的后果。這意味著我們可以根據(jù)最新的科學(xué)見解為患有癌癥的兒童提供最好的機(jī)會(huì)基矮∠ⅲ”
對(duì)于兩名患者，通過RNA測(cè)序發(fā)現(xiàn)的新融合導(dǎo)致醫(yī)生采用更有針對(duì)性的治療方案家浇。在一個(gè)女孩的病例中本砰，病理學(xué)家的診斷被修改為嬰兒纖維肉瘤，一種軟組織腫瘤钢悲，具有NTRK融合点额，導(dǎo)致她接受了一種新的靶向藥物，作為臨床試驗(yàn)的一部分莺琳。在另一個(gè)例子中还棱，一名患有腦腫瘤的一歲男孩的診斷結(jié)果從膠質(zhì)母細(xì)胞瘤變成了半球膠質(zhì)瘤，這是一種預(yù)后較差的腫瘤惭等。當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)治療不起作用時(shí)诱贿，他得到了一種精準(zhǔn)藥物，使他又保持了一年的穩(wěn)定。
“在這項(xiàng)研究中珠十，我們發(fā)現(xiàn)搜索整個(gè)腫瘤RNA的單一測(cè)試對(duì)兒童癌癥中的基因缺陷的敏感性幾乎提高了1.5倍料扰。”研究小組負(fù)責(zé)人焙蹭、Máxima公主兒科腫瘤中心大數(shù)據(jù)核心負(fù)責(zé)人晒杈、該研究的合著者Patrick Kemmeren醫(yī)學(xué)博士說，“在我的小組中孔厉，我們對(duì)兒童癌癥中的DNA和RNA異常進(jìn)行了更廣泛的研究拯钻。如果我們發(fā)現(xiàn)新的異常，也可以立即將它們作為新診斷的一部分撰豺，甚至可以在已經(jīng)接受治療的兒童中進(jìn)行回顧性檢測(cè)粪般。這樣，癌癥患兒就可以盡快從基礎(chǔ)研究的新發(fā)現(xiàn)中受益污桦∧洞酰”
作者預(yù)計(jì)，在可預(yù)見的未來凡橱，RNA測(cè)序?qū)⑷〈\斷癌癥相關(guān)基因異常的傳統(tǒng)方法小作。
