h5Seurat 文件格式專門用于存儲和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間分辨表達(dá)實驗數(shù)據(jù)邻耕，例如來自 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)的數(shù)據(jù)身笤。它包含所有分子信息和相關(guān)的元數(shù)據(jù)，包括最近鄰圖剩膘、維度縮減信息、空間坐標(biāo)和圖像數(shù)據(jù)以及聚類標(biāo)簽襟沮。同時還支持 h5Seurat 和 AnnData 對象之間的快速和磁盤上的轉(zhuǎn)換，旨在增強(qiáng) Seurat 和 Scanpy 之間的互操作性裕循。
例：下載的h5ad格式的單細(xì)胞數(shù)據(jù)臣嚣，想轉(zhuǎn)換成R的Seurat格式進(jìn)行后續(xù)分析，需要用到SeuratDisk R包剥哑。但是網(wǎng)上使用conda等方式安裝的在我的路徑下會遇到各種各樣的問題硅则，所以這里我使用手動下載安裝的方法會在一定程度上減少個人環(huán)境配置的差異，更加具有普遍適用性株婴。
下載和安裝
- 下載： https://libraries.io/conda/r-seuratdisk點(diǎn)擊"Downoad"下載得到 r-seuratdisk-0.0.9019-ha770c72_0.tar.bz2
# 2.安裝
cd ~/software/tools/SeuratDisk
conda install r-seuratdisk-0.0.9019-ha770c72_0.tar.bz2
## 如果在過程中遇到需要升級的輸入y升級后即可完成
## 如果環(huán)境依賴其他的包可以使用 conda install XX來進(jìn)行安裝 例:conda install -c conda-forge hdf5
# 檢查是否安裝成功
R
library(SeuratDisk)
#Registered S3 method overwritten by 'SeuratDisk':
# method from
# as.sparse.H5Group Seurat
使用示例
# 3.使用
library(Seurat)
library(SeuratDisk)
setwd('/home/name/path_to_your_files/')
# 轉(zhuǎn)換 .h5ad 文件為 .h5seurat 文件
Convert("./data/Global_lognormalised.h5ad",
assay = "RNA", dest = "h5seurat", overwrite = TRUE)
# 讀取 .h5seurat 文件為 Seurat 對象
seurat_object <- LoadH5Seurat("./data/Global_lognormalised.h5seurat")
# 檢查 Seurat 對象
print(seurat_object)
# 保存為rds格式
saveRDS('./data/Global_lognormalised.h5seurat')
Error: Missing required datasets 'levels' and 'values'
# 報錯
seurat_object <- LoadH5Seurat("./data/Global_lognormalised.h5seurat")
#Validating h5Seurat file
#Initializing RNA with data
#Adding counts for RNA
#Adding feature-level metadata for RNA
#Error: Missing required datasets 'levels' and 'values'
# 解決
歡迎大家評論交流怎虫！
（每帖分享：身體的健康和靈魂的平靜是幸福的極致！）
