發(fā)簡(jiǎn)信
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FeaturePlot畫圖讓有表達(dá)的點(diǎn)展示在上方在使用FeaturePlot畫圖的時(shí)候會(huì)因?yàn)榧?xì)胞太多存在一些細(xì)胞被覆蓋的現(xiàn)象霉撵，導(dǎo)致表達(dá)某基因的細(xì)胞由于處于底層而展示不出來(lái)惫东。我們?nèi)绻胍尡磉_(dá)特...
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利用cellranger構(gòu)建病毒基因組并整合到人中定量分析1.軟件和參考基因組文件下載 cellranger下載 建議下載比較新的的晴裹，我這個(gè)是因?yàn)橄牒驮谋３忠恢滤圆畔螺d的老版本官網(wǎng)下載：https:...
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R構(gòu)建seurat和scanpy 重復(fù)基因處理方式不同在處理病毒數(shù)據(jù)的時(shí)候遇到一個(gè)問題祭示，由于有不同病毒對(duì)應(yīng)的 蛋白編碼基因相同偷崩，導(dǎo)致讀取的時(shí)候出現(xiàn)問題：主要是在R中"ORF1ab"讀取為0但是sca...
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destiny包安裝 (libstdc++.so.6報(bào)錯(cuò))為了使用DiffusionMap，需要安裝destiny帚呼，但是遇到報(bào)錯(cuò)libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.3...
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Rstudio server卡住無(wú)法啟動(dòng)多次遇到rstudio-server服務(wù)器自己的用戶登錄不上掏缎，一直卡著，但是別人的用戶能正常使用的情況萝挤，一般都是自己用戶下出現(xiàn)了問題御毅，下面總結(jié)幾...
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ROGUE： 細(xì)胞亞群純度評(píng)估在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容根欧，用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包怜珍。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來(lái)準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)...
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SeuratDisk R包安裝 & .h5ad轉(zhuǎn)換為seurat對(duì)象h5Seurat 文件格式專門用于存儲(chǔ)和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間分辨表達(dá)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，例如來(lái)自 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)的數(shù)據(jù)...
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泛癌內(nèi)皮 血管生成 炎癥 2024 NSR(張澤民)Jinhu Li, Dongfang Wang, Fei Tang, Xinnan Ling, Wenjie Zhang, Zemin Zhan...
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Jupyte安裝和遠(yuǎn)程使用Jupyter是一個(gè)開源的交互式計(jì)算環(huán)境凤粗，支持超過(guò)40種編程語(yǔ)言酥泛，其中包括Python今豆、R、Julia等柔袁。它最初是IPython項(xiàng)目的一部分呆躲，隨...