2020-12-26-生信入坑筆記（三）-轉(zhuǎn)錄組分析-Hisat2與featurecounts結(jié)合獲得轉(zhuǎn)錄組counts值

目前主流差異表達(dá)分析軟件（Deseq2）均是基于counts值哩簿，而Hisat2結(jié)合cufflinks只能得到FPKM值施绎，那得想辦法利用Hisat2軟件mapping后得到的bam文件，獲得counts值骄蝇。有兩種主流軟件：一種是htseq軟件（htseq2）膳殷，但是運(yùn)行時(shí)間長(zhǎng)，這里使用一個(gè)性能相對(duì)較好軟件：featurecounts（subread軟件-featurecounts）九火。我使用了自己甘蔗轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)bam文件赚窃，測(cè)試結(jié)果表明，使用該軟件岔激，一個(gè)3.3G的bam文件勒极，所需時(shí)間約2-3min就能運(yùn)行獲得。

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