在上次的文章中我們給大家分享了細(xì)菌對(duì)抗生素產(chǎn)生耐藥性的機(jī)制，先來(lái)復(fù)習(xí)一下：
常見(jiàn)的細(xì)菌耐藥機(jī)制包括藥物的主動(dòng)外排料按、細(xì)胞膜膜通透性降低篡殷、形成生物膜杰妓、藥物作用靶位點(diǎn)改變藻治、產(chǎn)生滅活酶等。
（1）主動(dòng)外排稚失，是指細(xì)胞膜上的外排泵可以主動(dòng)將進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的抗生素泵出體外栋艳；
（2）膜通透性降低，是由于細(xì)胞膜或細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)發(fā)生改變句各，從而使藥物難以進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)
（3）形成生物膜吸占，與第二中的機(jī)制類(lèi)似，通過(guò)形成致密的生物膜凿宾，形成物理屏障矾屯，使藥物難以進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)。以上這三種抗性機(jī)制不具有特異性初厚，是細(xì)菌對(duì)抗生素產(chǎn)生抗性的第一道防線
（4）靶位點(diǎn)改變件蚕，即抗生素相結(jié)合的DNA或蛋白的靶位點(diǎn)突變或者被修飾后，影響了抗生素與靶點(diǎn)的結(jié)合产禾，從而影響抗生素的殺傷作用排作；
（5）產(chǎn)生滅活酶，如抗生素水解酶或鈍化酶亚情，從而水解或修飾進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的抗生素妄痪，使其到達(dá)靶位之前失去活性。
今天來(lái)給大家總結(jié)一下目前常用的耐藥數(shù)據(jù)庫(kù)：
（1）ARDB數(shù)據(jù)庫(kù)?網(wǎng)址：http://ardb.cbcb.umd.edu/
最早的耐藥數(shù)據(jù)庫(kù)楞件，其核心架構(gòu)包含完整的耐藥基因序列以及衫生，除此之外，還包括部分抗生素靶位點(diǎn)序列及其相關(guān)信息土浸。目前ARDB已不再維護(hù)罪针，相關(guān)信息已經(jīng)被整合進(jìn)CARD數(shù)據(jù)庫(kù)，因此黄伊，目前常用CARD進(jìn)行耐藥性研究泪酱。
（2）ResFinder數(shù)據(jù)?網(wǎng)址：https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/
在ARDB數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上，收錄了通過(guò)水平轉(zhuǎn)移獲得的耐藥基因毅舆，此庫(kù)分為15種耐藥小庫(kù)西篓，3097條耐藥基因序列，分類(lèi)全面憋活，更新及時(shí)岂津，目前已經(jīng)更新到4.1版本（其中的耐藥基因是從http://faculty.washington.edu/marilynr/和http://ardb.cbcb.umd.edu/兩個(gè)網(wǎng)站及發(fā)表的文獻(xiàn)中收集得到。該數(shù)據(jù)庫(kù)支持本地化悦即。目前吮成，除了可以查找分析已知的耐藥基因序列外橱乱，Resfinder可使用PointFinder識(shí)別染色體上的靶基因的點(diǎn)突變。這些突變信息的識(shí)別粱甫，對(duì)于研究耐藥突變的發(fā)生機(jī)制和新型抗生素的開(kāi)發(fā)等方面具有重要的意義泳叠。
（3）CARD數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：https://card.mcmaster.ca
CARD是一個(gè)基于志愿者貢獻(xiàn)數(shù)據(jù)的耐藥性研究共享平臺(tái)，包括ARDB數(shù)據(jù)庫(kù)的所有耐藥基因信息茶宵，且更新很及時(shí)危纫，從而保證了數(shù)據(jù)的時(shí)效性。CARD數(shù)據(jù)庫(kù)以ARO)為分類(lèi)單位乌庶，在一個(gè)term中關(guān)聯(lián)抗生素种蝶、作用靶位點(diǎn)、作用機(jī)制瞒大、序列變異等信息螃征。除此之外，還包括一些毒力基因的信息透敌、相關(guān)的可移動(dòng)元件信息等盯滚。分析模式包括BLAST和RGI模式，除了可以對(duì)已知耐藥基因進(jìn)行注釋外酗电，還可以通過(guò)RGI預(yù)測(cè)潛在的耐藥基因魄藕。RGI提供了3種預(yù)測(cè)標(biāo)準(zhǔn)，即Perfect撵术、Strict和Loose泼疑；通過(guò)選擇同源比對(duì)的判定標(biāo)準(zhǔn)，可以得到不同可信度和數(shù)量的潛在耐藥基因荷荤，有助于發(fā)現(xiàn)新的耐藥基因。CARD數(shù)據(jù)庫(kù)已成為目前最受歡迎的耐藥基因研究工具之一移稳。
（4）ARG-ANNOT數(shù)據(jù)庫(kù)
2014年蕴纳，Rolain課題組創(chuàng)建了ARG-ANNOT數(shù)據(jù)庫(kù)。收錄了1689個(gè)非冗余耐藥基因个粱，其中具有抗生素抗性的決定簇來(lái)自于發(fā)表的文章和網(wǎng)絡(luò)資源古毛，核苷酸和蛋白序列則從NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中提取。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)都许，可以對(duì)已知的或者潛在的耐藥基因基因預(yù)測(cè)稻薇，其中包括靶基因的點(diǎn)突變信息。該數(shù)據(jù)庫(kù)目前已關(guān)閉胶征。
（5）Resfams數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：http://www.dantaslab.org/resfams
蛋白質(zhì)的主要作用都是通過(guò)其中最核心的結(jié)構(gòu)域即domain發(fā)揮作用的塞椎，因此，Resfams數(shù)據(jù)庫(kù)以CARD的耐藥基因唯核心睛低，結(jié)合已有的多個(gè)耐藥基因數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建隱馬爾可夫模型(Hidden markov model案狠，HMMs)服傍，對(duì)耐藥基因進(jìn)行檢索，因此相比于blast骂铁，通過(guò)對(duì)核心domain的檢索吹零，更有助于對(duì)未知耐藥基因的預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)新的耐藥基因拉庵，同時(shí)也能更準(zhǔn)確的對(duì)蛋白功能做出注釋灿椅。一般情況下，Resfams數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)到的耐藥基因的數(shù)目要多于CARD的預(yù)測(cè)結(jié)果钞支。
以上給大家介紹了通用型耐藥基因數(shù)據(jù)庫(kù)茫蛹，此外，還有一些針對(duì)特定物種或特定抗生素的數(shù)據(jù)庫(kù)伸辟，如專(zhuān)門(mén)針對(duì)β-內(nèi)酰胺酶和萬(wàn)古霉素的ARGO數(shù)據(jù)庫(kù)(Antibiotic resistance genes online)麻惶，專(zhuān)門(mén)針對(duì)結(jié)核分枝桿菌的耐藥數(shù)據(jù)庫(kù)TBDReaMDB (Tuberculosis drug resistance mutation database)等，相關(guān)內(nèi)容后面會(huì)陸續(xù)分享給大家信夫。
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