MBE|比較基因組分析突出轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的基因組擴張和棉花 3D 基因組折疊的進化結(jié)構(gòu)

轉(zhuǎn)座子 (TE) 擴增已被認(rèn)為是介導(dǎo)基因組大小擴展和進化的驅(qū)動力佣赖，但在植物中塑造 3D 基因組結(jié)構(gòu)的后果在很大程度上仍然未知。在這里哟楷，我們使用牛津納米孔技術(shù)報告了基因組大小為 3 倍的三種棉花的參考級基因組組裝，即圓葉棉 (K2)徊件、G. arboreum (A2) 和 G. raimondii (D5)。比較基因組分析記錄了導(dǎo)致基因組大小差異（K2蒜危，2.44 Gb虱痕；A2，1.62 Gb辐赞；D5部翘，750.19 Mb）的譜系特異性 TE 擴增的細(xì)節(jié)，并表明基因組之間相對保守的基因含量和同線性關(guān)系占拍。我們發(fā)現(xiàn)大約 17% 的同線基因在活性 (“A”) 和非活性 (“B”) 區(qū)室之間表現(xiàn)出染色質(zhì)狀態(tài)變化略就，并且 TE 擴增與基因區(qū)域中 A 區(qū)室比例的增加有關(guān)（~7,000 個基因) 在 K2 和 A2 中相對于 D5捎迫。在三個基因組中，只有 42% 的拓?fù)潢P(guān)聯(lián)域 (TAD) 邊界是保守的表牢。我們的數(shù)據(jù)表明窄绒，在譜系特異性 TAD 邊界形成后，最近 TE 的擴增崔兴。這項研究闡明了轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的基因組擴增在植物高級染色質(zhì)結(jié)構(gòu)進化中的作用彰导。
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