轉(zhuǎn)錄組分析(1) - 基礎(chǔ)介紹

轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)涤久，廣義上指某一生理?xiàng)l件下翁潘，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合趁冈，包括信使RNA、核糖體RNA拜马、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA渗勘；狹義上指所有mRNA的集合。轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用最廣的高通量測序分析技術(shù)之一俩莽。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較旺坠，尋找差異基因、標(biāo)志基因扮超、協(xié)同變化基因取刃、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化瞒津、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等蝉衣。
轉(zhuǎn)錄組研究.png

轉(zhuǎn)錄組測序分析可以分為有參轉(zhuǎn)錄組分析和無參轉(zhuǎn)錄組分析。根據(jù)是否需要分析新的轉(zhuǎn)錄本以及是否有參考基因組巷蚪，轉(zhuǎn)錄組測序分析大概可以分為：(a).有參考基因組病毡，需要分析新的轉(zhuǎn)錄本、(b).有參考基因組屁柏，僅分析已有轉(zhuǎn)錄本啦膜、(c).沒有參考基因組。他們各自的測序數(shù)據(jù)分析流程如下圖所示：
轉(zhuǎn)錄組測序流程.png

作為成熟的測序數(shù)據(jù)分析流程淌喻，轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析具有多種多樣成熟的軟件搭配僧家，經(jīng)典的軟件搭配如下圖所示：
RNA_主流流程.png
具體分析過程在后續(xù)的文章中將陸續(xù)會(huì)有記錄。Subread-
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