第三天學(xué)習(xí)生信啦
感覺今天也是懵逼的一天
今天的學(xué)習(xí)內(nèi)容是linux環(huán)境下的軟件安裝
1.什么是conda
可以理解為是linux環(huán)境下的App store耍铜，是一種軟件下載器
2.下載miniconda
- 百度搜索 miniconda 清華
- 進(jìn)入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
找到以下鏈接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 復(fù)制下載鏈接
- 登錄putty炮捧，輸入 cd biosoft
- wget（即為粘貼命令）
wget 復(fù)制的下載鏈接
注意型豁，在windows的putty中，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制沮焕，右鍵點(diǎn)一下是粘貼 - 安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 激活miniconda
source ~/.bashrc
激活后在命令行輸入conda，如果彈出很多信息表明激活成功，報(bào)錯(cuò)可能是沒有進(jìn)行激活miniconda命令 -
添加鏡像
image.png
摘自生信星球
3.使用miniconda
- 查看所有軟件列表
conda list
應(yīng)該是這個(gè)app store里有這些app的意思 - 搜索軟件
如搜索軟件fastqc瘸羡，可輸入命令
conda search fastqc - 安裝軟件
如安裝fastqc，可輸入命令
conda install fastqc -y（這里的-y是自動(dòng)安裝的意思） - 卸載軟件
如卸載fastqc搓茬，可輸入命令
conda remove fastqc -y
感覺linux就是一個(gè)沒有圖標(biāo)的系統(tǒng)犹赖，然后需要用各種代碼來(lái)取代我們平時(shí)用的雙擊的命令
