導(dǎo)讀：

通過將用戶提供的基因表達(dá)定量數(shù)據(jù)儿惫，化合物定量數(shù)據(jù)映射并渲染到相關(guān)的KEGG通路圖上澡罚，能夠幫助我們直觀且系統(tǒng)地研究基因、酶肾请、化合物間的關(guān)系留搔。

KEGG通路圖簡介

KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫是一系列手動繪制的圖形圖譜的集合，稱為KEGG通路圖铛铁，涵蓋了代謝通路隔显、信號通路、各種細(xì)胞過程和生物系統(tǒng)相關(guān)的通路饵逐，以及與人類疾病相關(guān)的擾動通路括眠。通路圖標(biāo)識符為：物種縮寫+5位的數(shù)字編號。例如hsa04064倍权，表示“NF-kappa B signaling pathway - Homo sapiens (human)”掷豺，而mmu04064則表示“NF-kappa B signaling pathway -Mus musculus (house mouse)”。

通路圖上各個元素所代表的意義

1薄声，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_kegg_pathway_map_by_pathview_092

2当船，示例數(shù)據(jù)

點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載默辨，并使用excel打開德频。

輸入數(shù)據(jù)包括兩列：

第一列是該pathway中包含的基因/化合物ID。其中基因ID使用的是NCBI的entrez gene id缩幸，純數(shù)字抱婉，例如3553為基因IL1B; interleukin 1 beta档叔；化合物ID使用的是KEGG的compound

ID，以C開頭蒸绩，例如C01245為“D-myo-肌醇 1,4,5-三磷酸鹽”衙四，藥物ID使用的是KEGG的Drug ID，以D開頭患亿，例如D08877為“Briobacept(USAN)”传蹈。

第二列是每個基因/化合物對應(yīng)的數(shù)值，可以是倍數(shù)變化（log2FC）步藕，或者其他任意有意義的數(shù)值惦界。

其中首行首列為KEGG的Pathway ID，該ID可以在KEGG官網(wǎng)查詢咙冗。例如這里的hsa04064為“NF-kappa B signaling pathway -

Homo sapiens (human)”沾歪。必需指定物種，不能是map04064雾消。

這些信息都可以在KEGG官網(wǎng)進(jìn)行查詢獲得灾搏，例如https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa04064

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點擊輸入框下面的“示例”按鈕立润，將載入示例數(shù)據(jù)狂窑。

真實數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后桑腮，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)泉哈，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中破讨。

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查丛晦。若檢查不通過，請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟提陶，直到檢查通過（如下圖所示）烫沙，然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)。

注：輸入檢查是新加功能搁骑，它會根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)又固，并給出提示仲器，確保數(shù)據(jù)符合模塊要求。

4仰冠，選擇參數(shù)

基因colorbar顏色：

提供了低顏色乏冀，中顏色和高顏色

基因colorbar數(shù)值范圍

例如若基因的數(shù)值范圍為[-2.5,3.5]，若最小值和最大值都留空洋只，則colorbar的范圍就是[-4,4],即[負(fù)的絕對值最大的數(shù)向下取整辆沦，正的絕對值最大值向上取整]

若設(shè)定最小值和最大值昼捍，則根據(jù)所設(shè)定的值（默認(rèn)取整）設(shè)置colorbar對應(yīng)的數(shù)值范圍。

化合物colorbar顏色

提供了低顏色肢扯，中顏色和高顏色

化合物colorbar數(shù)值范圍

例如若化合物的數(shù)值范圍為[-2.5,3.5]妒茬，若最小值和最大值都留空，則colorbar的范圍就是[-4,4],即[負(fù)的絕對值最大的數(shù)向下取整蔚晨，正的絕對值最大值向上取整]

若設(shè)定最小值和最大值乍钻，則根據(jù)所設(shè)定的值（默認(rèn)取整）設(shè)置colorbar對應(yīng)的數(shù)值范圍。

圖例colorbar的位置

左上铭腕、左下银择、右上、右下

5累舷，提交出圖

檢查通過浩考，并且參數(shù)選好后，點擊“提交”按鈕被盈，約15s后（后臺需要從KEGG官網(wǎng)下載數(shù)據(jù)）析孽，會在頁面上顯示pathway map預(yù)覽圖。由于該圖是在KEGG Pathway Map的基礎(chǔ)上害捕，對圖片進(jìn)行上色后獲得的圖绿淋，因此，僅提供了300 dpi png格式圖片供下載尝盼。

在這張KEGG Pathway Map中吞滞，紅色表示基因表達(dá)上調(diào)，綠色表示基因表達(dá)下調(diào)盾沫。黃色表示化合物/藥物信號上調(diào)裁赠，藍(lán)色表示化合物/藥物信號下調(diào)。

當(dāng)然赴精，也可以只繪制表達(dá)數(shù)據(jù)（左圖）或者只繪制化合物/代謝數(shù)據(jù)（右圖）佩捞。

pathview官方在線版（https://pathview.uncc.edu/），功能更多蕾哟。

pathview R包代碼版

微生信助力高分文章一忱，用戶220000+，谷歌學(xué)術(shù)4300+