寫在前面
近期輔助課題組成員做一些上游數(shù)據(jù)分析谈秫，于是跑了前面搭建的流程并準備了系列分析結(jié)果文件，大體如下：
在其中「差異表達分析」的文件夾中鱼鼓，有系列文件拟烫，包括 KEGG Pathway 通路圖。
其中：
- 000.TBtools.Gene2Path.summary.html 對應的是差異表達基因具體在哪些KEGG通路
- 000.TBtools.Path2Gene.summary.html 對應的是具體通路上存在哪些差異表達基因
打開文件迄本，大體如下
對應的 mapXXXXX硕淑，可以點擊，點擊進去即為一個可交互的網(wǎng)頁版通路
其中上調(diào)表達的是紅色嘉赎，下調(diào)表達的是綠色置媳，黃色對應的是該組分（注意到KEGG的一個KO有時候?qū)氖且粋€復合物或者幾個不同變體有不同功能；同時有上下調(diào)也常見）公条。
討論過半半开，提到一個需求，亦即在下游數(shù)據(jù)分析工程中赃份，可能得到這樣那樣的基因列表寂拆，也會希望將其映射在通路圖上奢米，方便查看，比如交集的幾百個基因纠永，等等鬓长。
事實上，很久以前尝江，TBtools即支持自定義 R,G,B 顏色涉波，完全可以滿足這個需求。用戶只需要準備好一個列表文件即可炭序。盡管我在幾年前（估計是16年）已經(jīng)寫過對應功能的使用啤覆，但為了跟上最新版本，還是再寫一份教程惭聂。
KEGG Pathway Map Illustrate 界面簡介
從其中可以看到窗声，輸入簡單，具體輸入文件
1. 通路數(shù)據(jù)庫文件
這一文件辜纲，可直接下載已經(jīng)準備好的文件笨觅。注意，只要運行一次就行耕腾，下次重啟 TBtools 也不需要重新加載见剩。
https://tbtools.cowtransfer.com/s/0634098bb24441
下載后，直接載入即可
2. 注釋信息文件
此處建議提供該物種所有基因的 KEGG 注釋信息文件扫俺，具體獲取方法可以參考前述 eggNOGmapper 的教程苍苞，即《零基礎快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》
隨后輸入即可
3. 基因差異表達倍數(shù)信息 或 著色信息
基于界面提示，可以有兩種輸入狼纬，其中最常用的即為上下調(diào)....柒啤，正值會著紅色，負值會著綠色畸颅，如果混合，則著黃色
4. 設置輸出文件夾
給一個合理的文件夾路徑即可
點擊后等待即可方援，一般需要一些時間没炒，因為涉及到幾乎所有KEGG通路的遍歷和圖像處理
5. 查看結(jié)果
整體上與推文一開始介紹的一樣
6. 使用著色信息
對于一些基因集合，并無 log2FoldChange 值犯戏，我們可以自己指定 R,G,B
得到結(jié)果相似送火，只是按照用戶給定的 R,G,B 代碼著色
注意到，如果是多個基因?qū)揭粋€組分先匪，那么會出現(xiàn)一個組分有對應數(shù)目等分的著色种吸。
寫在最后
Emmm，沒想到教程一寫又是一個小時⊙椒牵現(xiàn)在時間越來不夠用坚俗，可能教程會越來越少镜盯。希望對大伙的生信下游數(shù)據(jù)分析，有點幫助吧猖败。
這個功能速缆，應該屬于絕對的吃力不討好功能，它本身最適合的是數(shù)據(jù)分析恩闻，而在最終結(jié)果呈現(xiàn)時艺糜，尤其是文稿發(fā)表上，幾乎不可能被用上幢尚，換句話說破停，TBtools 也不會因此得到引用；同樣也不可能對我個人來說有其他收益尉剩。
或許真慢，這就是作者的青春吧。
