Linux環(huán)境下的軟件安裝
1. 壓縮軟件bzip2的檢查與安裝
安裝程序yum install -y bzip2
2.軟件管理器Miniconda的下載與安裝
下載
cd biosoft
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
添加國內(nèi)鏡像沒有鏡像安裝軟件會(huì)報(bào)錯(cuò)
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
3.conda的使用
查看軟件列表
conda list
搜索目標(biāo)軟件
conda search fastqc
安裝軟件
conda install fastqc -y
卸載軟件
conda remove fastqc -y
4.conda 環(huán)境
1.查看當(dāng)前conda環(huán)境
conda info --envs
2.建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境措嵌，然后指定python版本是3琉朽，安裝軟件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 激活新的conda環(huán)境
source activate rna-seq - 卸載一個(gè)環(huán)境中的軟件
卸載某個(gè)軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸載這個(gè)環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all
