在蘋果操作系統(tǒng)上侥袜，我們可以從App Store下載各種軟件望薄。Linux操作系統(tǒng)有沒有一個類似于App Store的平臺丐黄，可以使我們非常方便的下載各種軟件放仗，而不用考慮各種依賴包的問題呢？答案當然是肯定的涛救，就是我們今天要介紹的Bioconda酸茴。
要介紹Bioconda首先得介紹一下Anaconda：
Anaconda指的是一個開源的Python發(fā)行版本磺陡，而Bioconda是Anaconda中專門用來管理生物信息學相關軟件的channel让簿。目前敬察，Bioconda已經(jīng)支持安裝2700多種生物信息學相關的包。
Bioconda的主頁
1.安裝conda
要使用Bioconda尔当，必須先安裝conda莲祸，有兩個版本可供我們選擇：miniconda和anaconda。miniconda的體積較小椭迎，但是能滿足正常的生物信息學使用锐帜，如果你的網(wǎng)速較慢或者硬盤空間較小，可以優(yōu)先選擇此版本畜号。進入miniconda的下載頁面缴阎，選擇合適的版本進行下載和安裝，此處以Python3.6版本為例：
# cd進入你的軟件安裝目錄
cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/
# 下載miniconda安裝包
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝完成后简软，重新登錄或者source ~/.bashr,并將conda添加到環(huán)境變量PATH蛮拔。
2.配置Chanels
在conda的迷人配置中述暂，并不包含生物信息學軟件源，所以需要把生物信息學相關的chanels添加到conda中：
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
3.添加國內源语泽，解決下載慢的問題
Bioconda默認的chanel都在國外贸典，下載軟件非常緩慢视卢，我們可以添加國內的chanel踱卵，以提高下載速度：
conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config —add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
4.使用bioconda管理生物信息學軟件
# 此處以軟件bwa為例
# 安裝bwa，默認安裝最新版本
conda install bwa
# 查找bwa的所有版本
conda search bwa
# 安裝特定版本的bwa
conda install bwa=0.7.12
# 查看conda中已經(jīng)安裝過的軟件
conda list
# 升級軟件
conda update bwa
# 卸載軟件
conda remove bwa 或者
conda unistall bwa
