總目錄
分子對(duì)接1：PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接
分子對(duì)接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接4：Autodock4進(jìn)行對(duì)接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開(kāi)始=============
前面拗盒，分子對(duì)接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接得到對(duì)接結(jié)果
接下來(lái)用強(qiáng)大的PyMOL工具進(jìn)行可視化
1 ADT直接查看對(duì)接結(jié)果
Edit-delete-delete all molecules
Analyze-docking-
image.png
顯示如下結(jié)果
image.png
箭頭可以翻看其他鍵能的配體結(jié)構(gòu) 繼續(xù)打開(kāi)大分子的文件
image.png
稍作調(diào)整會(huì)得到下面形式
image.png
還可以看看有沒(méi)有π鍵
image.png
結(jié)果如下
image.png
image.png
主菜單color可以改變顏色
但還是PyMOL可視化效果更好
2 Autodock Vina結(jié)果在PyMOL進(jìn)行可視化
如果對(duì)上面的結(jié)果直接file-save會(huì)出現(xiàn)
image.png
所以不能直接輸出復(fù)合體pdb文件芥玉。
2.1 輸出配體分子的pdb文件
刪除受體瞳筏，只保留配體呐舔，保留結(jié)合能最高的那個(gè)。
然后file-save-write PDB-OK
2.2配體分子導(dǎo)入PyMOL
打開(kāi)PyMOL,file-open導(dǎo)入受體布持，配體
file-export molecular
命好名字
然后重新打開(kāi)file-open-剛才的分子绪励，，如下圖顯示
剩下的工作就是PyMOL操作了
具體
分子對(duì)接1：PyMOL進(jìn)行可視化
image.png
下圖是Autodock Vina結(jié)果
image.png
Autodock· Vina對(duì)接及可視化部分到此結(jié)束垒手。
