序列相似性搜索是重要的生物信息學(xué)研究之一鼻吮，常常為新測序基因組或序列片段的功能提供參考，而BLAST是這一系列工具中最流行的相似性搜索工具。1989年埃叭，美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）首次推出BLAST派任。自第一版以來砸逊，NCBI一直在維護和更新BLAST版本。 2009年掌逛，NCBI推出了新版本的獨立式BLAST應(yīng)用程序（BLAST +）师逸，現(xiàn)在的版本已更新到2.7.1。BLAST+與BLAST相比豆混，有很多改進和提高篓像，可以加快搜索速度，并在輸出格式和搜索輸入方面提供更大的靈活性皿伺，主要有以下幾點：
- 分割較長的查詢序列以減少內(nèi)存使用员辩，并且充分利用現(xiàn)代CPU的運算能力；
- 使用數(shù)據(jù)庫索引來顯著加快搜索的速度;
- 具有保存稍后可用于開始新一輪搜索的“搜索策略”的能力;
- 在表格式結(jié)果的格式化方面具有更大的靈活性鸵鸥。
NCBI強烈推薦放棄BLAST奠滑，使用BLAST+， 這里說的BLAST和BLAST+妒穴，都是本地的宋税，與那個批量BLAST小程序不是一回事。BLAST+下載地址：NCBI BLAST+ 讼油。
BLAST+的一般用法如下：
格式化數(shù)據(jù)庫
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname
參數(shù)說明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：數(shù)據(jù)庫類型杰赛，prot或nucl
-out：數(shù)據(jù)庫名
蛋白序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
參數(shù)說明:
-query： 輸入文件路徑及文件名
-out：輸出文件路徑及文件名
-db：格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式矮台，6是tabular格式對應(yīng)之前BLAST的m8格式
-evalue：設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
-num_threads：線程數(shù)
核酸序列比對核酸數(shù)據(jù)庫（blastn）以及核酸序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫（blastx）
與上面的blastp用法類似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
以上的參數(shù)說明只是一些常用的參數(shù)淆攻，完整的參數(shù)說明可以用-help查詢，關(guān)于BLAST的詳細介紹可以參考BLAST的官方文檔嘿架。
參考：
- 有個博客：BLAST+使用方法
- BLAST? Command Line Applications User Manual [Internet].
