生信寶典之傻瓜式推出過(guò)基于Cytoscape的插件literature search進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘查找指定基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方。
近來(lái)發(fā)現(xiàn)一款神奇的在線工具 (Chilibot, chip literature robot, http://chilibot.net/)可以完成同樣的分析钓账，而且看上去功能還更強(qiáng)大毁渗。
結(jié)果展示
采用兩個(gè)關(guān)鍵詞cocaine和plasticity (藍(lán)色節(jié)點(diǎn))配對(duì)搜索獲得cocain治療對(duì)可塑性的影響相關(guān)的一系列基因灌诅。基因的顏色代表表達(dá)值（綠色是上調(diào)含末，紅色是下調(diào)）猜拾。連線上的數(shù)字代表這一關(guān)系的權(quán)重 (后面有計(jì)算方式)。點(diǎn)擊每個(gè)點(diǎn)答渔，可以查看對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)信息或針對(duì)該節(jié)點(diǎn)進(jìn)行進(jìn)一步分析关带。
配對(duì)搜索
如下做配對(duì)搜索，查看給定的基因沼撕、通路宋雏、疾病之間存在的互作。
提交后务豺，展示搜索進(jìn)程和語(yǔ)義分析
獲得互作結(jié)果, 左側(cè)是網(wǎng)絡(luò)圖磨总，右側(cè)是圖例。圖中的數(shù)字代表支持兩個(gè)節(jié)點(diǎn)關(guān)系的權(quán)重笼沥。
每個(gè)節(jié)點(diǎn)可進(jìn)一步點(diǎn)擊查看, 獲取包含此節(jié)點(diǎn)的文獻(xiàn)和文獻(xiàn)中的語(yǔ)句蚪燕。每個(gè)邊也可以進(jìn)一步點(diǎn)擊查看，獲取包含這個(gè)調(diào)控關(guān)系的文獻(xiàn)和對(duì)應(yīng)的語(yǔ)句奔浅，不失為一個(gè)快讀讀文獻(xiàn)的工具馆纳。
雙列表搜索
第1個(gè)列表中的關(guān)鍵字會(huì)互相配對(duì)搜索它們之間的關(guān)系，然后每個(gè)再與第2個(gè)列表中的關(guān)鍵字配對(duì)搜索對(duì)應(yīng)的關(guān)系汹桦。
List 1
BDNF
TRKB
TRKC
CHRNA7
PSD95
CREB
HPRT
ARC
NUR77
List 2
APOPTOSIS (programed cell death; PCD)
Hippocampus
STEM CELLS
結(jié)果如下鲁驶，一個(gè)比較復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)。
點(diǎn)擊某個(gè)節(jié)點(diǎn)可繪制以該節(jié)點(diǎn)為中心的網(wǎng)絡(luò)舞骆，還可以根據(jù)網(wǎng)絡(luò)中的連通性推測(cè)出之前未被報(bào)道的調(diào)控關(guān)系钥弯，比如Apoptosis與ARC沒(méi)有文獻(xiàn)報(bào)道，但他們都與網(wǎng)絡(luò)中的6個(gè)基因有調(diào)控關(guān)系督禽，那么他們之間可能也會(huì)有調(diào)控關(guān)系脆霎，就形成了一個(gè)新的假說(shuō)。
如果網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)不能點(diǎn)擊狈惫，點(diǎn)一下sort nodes by number of relationships刷新下網(wǎng)絡(luò)就可以了睛蛛。
展示表達(dá)值
輸入如下，基因名字后面跟上基因的表達(dá)倍數(shù)變化 （空格分開(kāi)）
節(jié)點(diǎn)的顏色根據(jù)表達(dá)量標(biāo)記了紅色（下調(diào)）和綠色（上調(diào)）虱岂，與常規(guī)不太一致玖院。
具體的上色方式見(jiàn)下 (數(shù)值為fold change 不能取對(duì)數(shù))：
權(quán)重計(jì)算
Words suggesting a conclusion, such as “suggest”, “found”, “show”, “data” etc weights as +9 points. Starting the sentence with the query term and a verb weights as +5 points. The presence of words suggesting a negative result such as “not”, “l(fā)ack”, “fail”, “without” is weighted as -3 points. Having more than 30 words also reduces the weight by 3 points. Lastly, having keywords specified by the user adds 5 points to the weight. The 15 sentences with the highest weights are displayed.
程序查詢
文中也提供了一個(gè)程序化獲取方式，以Perl語(yǔ)言為例第岖，其他程序語(yǔ)言也可以难菌，本質(zhì)是網(wǎng)頁(yè)提交和抓取。
#!/usr/local/bin/perl
use LWP::Simple qw(get);
# Provide your email address so that you receive a notification when a query is done (if more than 6 terms are queried).
my $email="me\@my.domain";
#my $sessionName="testing"; # session name is optional
my $terms="apoptosis\ncreb\nbdnf\n";
&searchChilibot ($email, $sessionName, $terms);
sub searchChilibot{
my $email=shift;
my $sessionName=shift;
my $terms=shift;
my $url="http://www.chilibot.net/cgi-bin/chilibot/chilibot.cgi?email=$email&IN=t&list=$terms&name=$sessionName";
print "Waiting for Chilibot response (may take a while) ..\n";
my $response=get ($url);
if ( $response=~m|Done!.+?<a href=(.+index\.html)|){
print "search is done: http://www.chilibot.net$1\n";
}
if ($response=~m|<div *class=\"warning\">(.*)</div>|){
print "error:$1\n";
}
}
