DNA甲基化位點(diǎn)三種不同的motif類型（CG匠题，CHG，CHH）仆潮，已經(jīng)有很多研究表明在個(gè)體內(nèi)的調(diào)控機(jī)理和功能并不相同检盼。
DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）傀广。
結(jié)構(gòu)基因含有很多CPG結(jié)構(gòu), 2CPG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)颁独。基因組中60%～ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島, 位于結(jié)構(gòu)基因啟動子的核心序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)伪冰。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行誓酒。
In genetics, a sequence motif is a nucleotide or amino-acid sequence pattern that is widespread and has, or is conjectured to have, a biological significance.
In plants and other organisms, DNA methylation is found in three different sequence contexts: CG (or CpG), CHG or CHH (where H correspond to A,T or C). In mammals however, DNA methylation is almost exclusively found in CpG dinucleotides, with the cytosines on both strand being usually methylated.
植物和其他器官？贮聂，DNA甲基化在三種不同的序列context發(fā)現(xiàn)： CG (or CpG), CHG or CHH靠柑。
哺乳動物，基本只發(fā)現(xiàn)CpG吓懈。cytosines on both strand 被甲基化歼冰。
CpG islands are usually defined as regions with 1) a length greater than 200bp, 2) a G+C content greater than 50%, 3) a ratio of observed to expected CpG greater than 0.6,
CpG島：長度大于200bp，GC含量大于0.5耻警，expected CpG比率大于0.6
在細(xì)菌基因組中,N6-甲基腺嘌呤(m6A)和N4-甲基胞嘧啶(m4C)也很常見,它們作為限制修飾(RM)系統(tǒng)的一部分而行使功能
http://www.novogene.com/tech/suppor/news/1480.html
1:目前pacibio的測序儀器可以分析的甲基化類型有：5mc\4mc和6mA隔嫡，一般原核會提供甲基化位點(diǎn)相對應(yīng)的motif,真核生物就沒有了（一般只關(guān)心cpG 島的甲基化）
2:5mc的監(jiān)測難度比較大，需要較高的測序覆蓋度一般要到250X甘穿，但是加入Tet1試劑后畔勤，大概就需要25X就可以了
3:pacbio測序儀器集成了http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html一個(gè)關(guān)于甲基化轉(zhuǎn)移酶的識別motif數(shù)據(jù)庫，motif是甲基化位點(diǎn)左右12bp的一段序列
4:檢測原理：當(dāng)該位點(diǎn)有堿基修飾的時(shí)候扒磁，測序速度會變慢，其實(shí)其它種類的剪輯修飾也可以檢測式曲，只是三代公司還沒有算出檢測算法妨托。
5:因?yàn)檎婧瞬环治鰉otif,所以在分析的時(shí)候，三代的protocal是不一樣的：
真核：RS_Modification_Detection
原核：RS_Modification_and_Motif_Analysis.1
參考：
1:https://github.com/PacificBiosciences/SMRT-Analysis/wiki/SMRT-Pipe-Reference-Guidev2.3.0#PRO_MOD
3.博客筆記
