QTL-seq 分析
- 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 親本轩褐、低值混池、高值混池
使用 qtlseq 軟件自動進行 qtlseq 分析
qtlseq \
-r genome.fa \ #參考基因組
-p p_1.fastq.gz,p_2.fastq.gz \ #親本
-b1 L_1.fastq.gz,L_2.fastq.gz \ #低值混池
-b2 H_1.fastq.gz,H_2.fastq.gz \ #高值混池
-n1 50 \ #低值混池個體數(shù)
-n2 50 \ #高值混池個體數(shù)
-t 8 \ #線程數(shù)
-o qtlseq #輸出目錄
分步進行 QTL-seq 分析
1.構(gòu)建基因組index
2.兩組數(shù)據(jù)分別進行比對
3.變異檢測
4.變異過濾
5.變異注釋
6.QTL-seq 分析
前五個步驟在前面推文中已經(jīng)跑過玖详，大家可自行查看把介，這里只演示第六步
## 使用qtlseq軟件中的qtlplot進行分析
qtlplot \
--vcf all.vcf \ # vcf 文件中樣本順序需要為親本、混池 1(與親本的表型一致)蟋座、混池 2
--out ./ \
--N-bulk1 50 \
--N-bulk2 50 \
-F 2 \
--window 2000 --step 100 \ #指定窗口和步長大小
--min-depth 8 --max-depth 100 \ #設(shè)置測序深度的范圍
--N-rep 1000 \ # 計算閾值時的重復(fù)次數(shù)拗踢，默認5000
--min-SNPindex 0.3 \ # 去除0.3以下的SNP index
--format png
