使用AF2預(yù)測結(jié)構(gòu)的b-factor配色方法

在chimerax中保存的AF2預(yù)測結(jié)構(gòu)中是包含了可信度信息的绞灼,應(yīng)該是加在了原先解析的結(jié)構(gòu)包括的b-factor欄中

但是如果直接打開這些pdb文件皮壁,顏色是默認(rèn)的更米,并不能展示氨基酸之間可信度的區(qū)別

默認(rèn)打開的pdb文件

如果用color by b-factor的方法更改配色爬舰,則默認(rèn)是red-white-blue的配色方案

>color bfactor

color bfactor

因為這是基于palette options的默認(rèn)b-factor方案,從幫助中可以發(fā)現(xiàn)每個配色方案都有自己對應(yīng)的命令


配色方案


color bfactor palette rainbow

用彩虹模式展示為上圖所示屁药,而AF2的默認(rèn)配色方案也可以用相應(yīng)的命令得到

>color bfactor palette alphafold


color bfactor palette alphafold

這就和AF2當(dāng)時預(yù)測得到的模型配色方案一致了

OK

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