在chimerax中保存的AF2預(yù)測結(jié)構(gòu)中是包含了可信度信息的绞灼,應(yīng)該是加在了原先解析的結(jié)構(gòu)包括的b-factor欄中
但是如果直接打開這些pdb文件皮壁,顏色是默認(rèn)的更米,并不能展示氨基酸之間可信度的區(qū)別
默認(rèn)打開的pdb文件
如果用color by b-factor的方法更改配色爬舰,則默認(rèn)是red-white-blue的配色方案
>color bfactor
color bfactor
因為這是基于palette options的默認(rèn)b-factor方案,從幫助中可以發(fā)現(xiàn)每個配色方案都有自己對應(yīng)的命令
配色方案
color bfactor palette rainbow
用彩虹模式展示為上圖所示屁药,而AF2的默認(rèn)配色方案也可以用相應(yīng)的命令得到
>color bfactor palette alphafold
color bfactor palette alphafold
這就和AF2當(dāng)時預(yù)測得到的模型配色方案一致了
OK