BioSciTools https://bioscitools.github.io基于
Java (JDK-11),JFX,R-4.2.0開發(fā)的桌面程序讹剔，旨在為生物信息學(xué)的發(fā)展做出新的探索和貢獻(xiàn)薇搁，實(shí)現(xiàn)序列分析宙地、轉(zhuǎn)錄組學(xué)罢猪、基因組學(xué)软驰、蛋白質(zhì)組學(xué)晦鞋、代謝組學(xué)得糜、單細(xì)胞载绿、微生物學(xué)床蜘、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的數(shù)據(jù)分析和可視化辙培。該程序繼承了HiPlot https://hiplot-academic.com美觀的操作界面、優(yōu)秀的交互組件邢锯、完善的分析功能扬蕊，但開發(fā)方式和分析內(nèi)容與Hiplot不同。BioSciTool調(diào)用用戶的本地計(jì)算資源丹擎，開發(fā)理念和宗旨在于基于Java開發(fā)更加得心應(yīng)手的生物信息學(xué)分析軟件尾抑，早前受到少許程杰開發(fā)的TBTools https://github.com/CJ-Chen/TBtools的啟發(fā)歇父，我更加致力于的軟件交互設(shè)計(jì)、多組學(xué)分析功能再愈、臨床醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的開發(fā)榜苫。
1. Brief information and home page
1. Github: https://github.com/bioscitools
2. Download: https://github.com/BioSciTools/BioSciTools.github.io/releases
3. Website: https://bioscitools.github.io
4. Courses: https://space.bilibili.com/34105515/channel/seriesdetail?sid=2662518
5. 公眾號: 生物信息學(xué)Omics
2. RevCom
RevCom: Reverse Complete DNA序列反向互補(bǔ)分析
3. CorPlot
CorPlot: Correlation analysis and plot. 基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)、代謝組學(xué)等組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行對樣本/分組間的Pearson相關(guān)性分析翎冲。
4. PCA Plot
PCA Plot: 基于轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)中經(jīng)RPKM/FPKM標(biāo)準(zhǔn)化的基因表達(dá)數(shù)據(jù)垂睬，對所有樣本進(jìn)行主成分分析（PCA） 并可視化科學(xué)繪圖，當(dāng)樣本數(shù)量足夠時(shí)可以展示95%CI(P-value < 0.05)的圈圖抗悍。
5. Venn Plot
VennPlot: 可以實(shí)現(xiàn)7組數(shù)據(jù)間的統(tǒng)計(jì)與可視化驹饺，且提供 Circle 和 Ellipse 兩種形狀，提供 Sci 期刊顏色搭配 12 種缴渊，允許用戶更具美觀程序設(shè)置顏色透明度 Alpha赏壹，提供包含 Times New Romas字體在內(nèi)的多種字體選擇， 提供 PDF 和JPEG 圖像結(jié)果下載衔沼。
6. VocanoPlot
VocanoPlot: 基于差異表達(dá)基因計(jì)算結(jié)果(包含差異表達(dá)基因/轉(zhuǎn)錄本名稱, log2FoldChange, P-value, P-adjust / Q-value)進(jìn)行可視化繪制Volcano火山圖蝌借。適用于轉(zhuǎn)錄組學(xué)、代謝組學(xué)指蚁、蛋白質(zhì)組學(xué)等組學(xué)數(shù)據(jù)骨望。
7. NetworkPlot
NetworkPlot: 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在探索生物學(xué)復(fù)雜的調(diào)控關(guān)系分析中發(fā)揮著顯著的優(yōu)勢，本程序基于兩類節(jié)點(diǎn)間的調(diào)控配對數(shù)據(jù)（建議是符合顯著性的調(diào)控關(guān)系對）通過計(jì)算連接度或單純計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)進(jìn)行構(gòu)建調(diào)控關(guān)系網(wǎng)絡(luò)并可視化欣舵。適用于Protein - Protein, Gene - Gene, MicroRNA - mRNA, TF - Gene, MicroRNA - CircRNA, MicroRNA - LncRNA等分子對調(diào)控關(guān)系擎鸠。
8. GO and KEGG Enrichment
GO Enrichment Stat
KEGG Enrichment Net
9. Cluster
ClusterPlot: 多維數(shù)據(jù)經(jīng)過 kmeans, hclust, agnes, clara, diana, fanny, pam 等多種聚類算法進(jìn)行聚類分析，如經(jīng)典的基于距離聚類的kmeans和基于層級聚類的hclust缘圈，最終可視化聚類結(jié)果劣光。
10. WGCNA
根據(jù)各位醫(yī)學(xué)研究者的強(qiáng)烈需求，以及常規(guī)多樣本轉(zhuǎn)錄組（>=12樣本）利用WGCNA的優(yōu)勢糟把，篩選與性狀相關(guān)的基因绢涡。本程序基于WGCNA模塊并優(yōu)化數(shù)據(jù)分析和可視化代碼，實(shí)現(xiàn)常規(guī)多分組（以分組為性狀信息）轉(zhuǎn)錄組學(xué)模塊篩選與共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的分析遣疯。此次更新帶來WGCNA分析流程雄可。
11. ChordPlot
ChordPlot: 弦圖用于展示兩種對象之間的復(fù)雜配對關(guān)系，連接圓上任意兩點(diǎn)的線段叫做弦缠犀，代表著兩者之間的關(guān)聯(lián)数苫。不同的顏色來區(qū)分不同的對象關(guān)系，連接線的寬度表示數(shù)據(jù)之間的關(guān)系程度辨液，弧線與圓的接觸面積上的寬度表示比例關(guān)系虐急。
12. Survival Analysis
Survival Analysis: 生存分析是將事件的結(jié)果和出現(xiàn)這一結(jié)果所經(jīng)歷的時(shí)間結(jié)合起來分析的統(tǒng)計(jì)分析方法。本程序基于生存分析滔迈，并對分析結(jié)果以分組生存ROC曲線止吁、生存Table和Number Censor進(jìn)行可視化被辑。
13. BioSciTools Courses
Courses: https://space.bilibili.com/34105515/channel/seriesdetail?sid=2662518
14. 生物信息學(xué)Omics
公眾號: 生物信息學(xué)Omics
BioSciTools Articles: http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=MzI4OTEwNzI5NA==&hid=12&sn=2b2c4f083e5e04f8496dfb6946b04e2b&scene=18#wechat_redirect
BioSciTools Videos: http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=MzI4OTEwNzI5NA==&hid=13&sn=6eaebedf28ec5ee8d890c6e2d63f63ba&scene=18#wechat_redirect
祝 各位科研者身體健康、科研順利敬惦、成果卓越盼理！
