寫在前面
熒光定量（qPCR）早已是各個分子生物學(xué)實驗室常用的簡單的實驗技術(shù)沃饶。十年的變化很大。10年前（我大一）到實驗室時，常規(guī)的pcr都不舍得加多0.2ul的rTaq淮菠，更不提跑一個qPCR就燒掉大幾百的熒光定量遍愿。伴隨著測序成本的降低和科研經(jīng)費支持的增加（主要是說我們小打小鬧的單位）存淫，qPCR實驗天天都做，天天都要處理和分析數(shù)據(jù)沼填。
寫這個小工具的動機
針對qPCR數(shù)據(jù)的分析方法有兩種桅咆，其中一種即為 2deltadelta....（具體請參考熒光定量PCR的隨機手冊）。雖然事實上坞笙，每臺機器應(yīng)該都會有隨機軟件可以用于分析岩饼，但可能多數(shù)人還是并不習(xí)慣或者喜歡使用該些軟件⊙σ梗或許主要原因是....用起來太麻煩籍茧。
三四年前，我記得我一直有喊師弟或者師妹去寫一個腳本或者軟件梯澜，這樣會簡化分析流程寞冯，可以省下很多時間。但或許，沒有做過定量PCR的師弟或者師妹吮龄，并不會了解到俭茧，整理結(jié)果數(shù)據(jù)，是一件繁雜和痛苦的事情漓帚。
近期母债，碩士課題組的師兄和師妹希望能有一個相對便捷的，整理qPCR結(jié)果的工具尝抖，恰好家里網(wǎng)絡(luò)出了點問題场斑，我便隨手寫了一個。
小工具的使用
輸入數(shù)據(jù)
需要的輸入數(shù)據(jù)牵署，只有三列漏隐，用制表符分隔，用戶可以用Excel整理成以下形式奴迅，并另存為文本文件青责，或者直接新建一個txt文件，并黏貼進去后保存取具。
數(shù)據(jù)說明：
- 第一行是標題行脖隶，可以省略
- 第一列是樣本名稱
- 第二列是看家基因的Ct值（比如Actin的...）
- 第三列是關(guān)注的基因的Ct值
- 示例數(shù)據(jù)中，每個樣本是三個重復(fù)暇检，而實際上可以無限個重復(fù)
- 重復(fù)可以不放在相鄰的行
注意产阱，第一個樣本，將會作為Control块仆，亦即构蹬，可以預(yù)計，其計算結(jié)果為1
使用工具
打開工具
拖拽或者通過摁鈕選擇悔据，設(shè)置輸入文件
設(shè)置一個輸出文件路徑
點擊Start即可得到結(jié)果
結(jié)果解讀
如上圖庄敛，結(jié)果文件中：
- 第一行為標題行
- 第一列為樣本信息
- 第三列為相對表達量均值
- 第四列為標準差
直接輸出圖片
順手把可視化的也寫上，畢竟用Excel加個誤差棒還是有點麻煩科汗。
寫一個沒人寫的藻烤，順手加上一些可視化的功能，這樣就有種閉環(huán)的感覺头滔。
寫在后面
很久很久沒有更新了怖亭，主要原因是....暫時沒有發(fā)現(xiàn)特別有用的，尤其是對我自己有用的功能坤检。當然兴猩，課題組主要做實驗的朋友，似乎也不需要新的什么工具缀蹄。
課題課題....還是要繼續(xù)想辦法峭跳。
