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原文鏈接：
Beagrie RA, Scialdone A, Schueler M, et al. Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping. Nature. 2017 Mar 23;543(7646):519-524. doi: 10.1038/nature21411. Epub 2017 Mar 8. PMID: 28273065; PMCID: PMC5366070.
https://www.nature.com/articles/nature21411
數(shù)據(jù)預(yù)處理
I. Alignment
- 使用Bowtie2（默認(rèn)參數(shù)）將read mapped 到 mm9 參考基因組
- 僅保留MAPQ>=20 read
- 去除PCR duplicates
II. Calling positive windows
首先带射，將全基因組分為一系列連續(xù)bins（i.e. equal-sized windows）
III. Exclude low-quality datasets
作者共產(chǎn)生了471個nuclear profiles + 5 negative control 共477個樣本
作者考察了以下質(zhì)量指標(biāo)：
- % of mapped reads
- % of non-PCR duplicate reads
- average sequencing quality
- Mononucleotide repeat score
- Dinucleotide repeat score
- total number of windows scored positive
- number of positive windows immediately adjacent to another positive window
- number of positive chromosome for each sample
使用以上所有質(zhì)量指標(biāo)作為特征同规，對所有477個樣本進(jìn)行主成分分析，發(fā)現(xiàn) % of mapped read 指標(biāo)是區(qū)分 nuclear profile 和 negative control 最有效的特征。
negative controls 中 % of mapped reads 最高為2%券勺。嚴(yán)格起見绪钥，作者將 % of mapped reads 小于 15% 的細(xì)胞全部過濾掉，共過濾掉63個細(xì)胞朱灿，剩余408個高質(zhì)量細(xì)胞昧识。
Calculation of linkage matrices
假設(shè)：
（1）位點(diǎn)被檢測到的頻率為
，位點(diǎn)
被檢測到的頻率為
（2） 是位點(diǎn)
和
同時被檢測到的頻率
定義Linkage disequilibrium
使用 linkage 的理論最大值
對
進(jìn)行歸一化盗扒，得到Normalized Linkage disequilibrium
其中 的計算方法為：
染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)識別
compartment A/B
GAM識別compartment A/B的方法與Hi-C基本相同跪楞，具體過程如下：
使用normalized linkage matrices 替代 normalized contact matrices，記為原始矩陣為
侣灶。
對
定義
計算
的 Pearson 相關(guān)系數(shù)矩陣為
褥影，即
以
選擇與GC含量相關(guān)最高的主成分凡怎，用于定義compartment A/B
TAD
TAD的計算參考了 2015 Crane et al. [1] 提出的用于Hi-C數(shù)據(jù)的 insulation score方法校焦。
使用 3 x 3 window box 沿對角線滑動，計算每個window box內(nèi)的normalized LD的平均值统倒。
使用SLICE識別 prominent interacting locus
interacting locus pairs
核心思想：
假設(shè)基因組中的兩個位點(diǎn),
在
個NP中：
- 個既沒有檢測到A寨典，也沒有檢測到B
- 個檢測到
或
中的一個
- 個同時檢測到
或
定義的共出現(xiàn)（co-segregation）頻率為
則當(dāng)與
的互作頻率為
時，根據(jù)SLICE model（詳見《文獻(xiàn)閱讀 | GAM：基于ligation-free方法捕獲基因組中增強(qiáng)子間的復(fù)雜互作 (Part III：SLICE 統(tǒng)計學(xué)模型）》可以計算得到co-segregation ratio服從的分布房匆，并進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)檢驗：
v.s
耸成。
具體而言，計算 時的分布的95%分位值
浴鸿，當(dāng)
時井氢，即認(rèn)為
間存在顯著互作。
此外岳链，對于prominent interacting pairs花竞，SLICE model還可對進(jìn)行估計（即Figure 3)
Interacting locus triplets
類似地，定義triplet co-segregation ratio 為
參考文獻(xiàn)
[1] Crane, E., Bian, Q., McCord, R. et al. Condensin-driven remodelling of X chromosome topology during dosage compensation. Nature 523, 240–244 (2015). https://doi.org/10.1038/nature14450
