totem是基于slingshot實(shí)現(xiàn)的偽軌跡算法嚷硫。作為Totem的默認(rèn)降維方法订雾，我們使用5維LMDS禀酱。為了生成大量不同的聚類結(jié)果，作為構(gòu)建MST的基礎(chǔ)眠菇，我們使用了來自cluster R包的CLARA k-medoids聚類算法，執(zhí)行1000次袱衷。對于每個(gè)聚類捎废，我們通過將細(xì)胞簇表示為圖中的頂點(diǎn)，并使用Slingshot (Street et al 2018)基于協(xié)方差的方法來測量聚類之間的距離致燥，從而生成一個(gè)MST登疗。從每個(gè)簇中細(xì)胞的協(xié)方差矩陣計(jì)算出類馬氏距離，同時(shí)還考慮了簇的形狀和分布。估計(jì)細(xì)胞連通性辐益，cij=dij/kj断傲，即某一簇的頂點(diǎn)數(shù)除連接該點(diǎn)的邊數(shù)。我們創(chuàng)建一個(gè)連接向量cj智政，其中包含與MST j（有j個(gè)MST）對應(yīng)的所有N個(gè)單元格的連接值认罩，縮放連接值，使每個(gè)圖的最大連接始終為1续捂，遠(yuǎn)離軌跡葉子部分的細(xì)胞群的細(xì)胞連通性更高垦垂，理解成越在分化末期，連通性越差牙瓢。使用VRC聚類選擇乔外。最后通過slinshot偽軌跡分析。
通過dyverse基準(zhǔn)測試框架（有誰教教我嗎一罩？嗚嗚嗚）杨幼，在HIM，correlation聂渊，F(xiàn)1 branches差购，overall上表現(xiàn)都很好。
