生物信息學(xué)需要掌握的 Linux 基礎(chǔ)操作

符號(hào)

/ : 根目錄 (寫(xiě)入絕對(duì)路徑)
~ : 自己的home目錄
. : 當(dāng)前目錄
.. : 上一層目錄 (寫(xiě)入相對(duì)路徑)

查看命令

ls -l (ll) : 查看詳細(xì)文件
ls -s -h :查看文件大小

cat : 將所有的文件都打印出來(lái)
less : 每次只顯示一部分腥椒,按上下鍵翻閱岸军,q 退出
less -S :查看文件不換行,可以左右翻頁(yè)
head : 默認(rèn)顯示前十行
head -n :顯示 n 行
tail : 默認(rèn)顯示后十行

文件整理

mkdir : 新建文件夾
cp a b_dir : 拷貝 a 到 b_dir
rm : 刪除文件
rm -r :刪除文件夾(遞歸命令)
mv a b_dir : 移動(dòng)(可以移動(dòng)多個(gè))
ln -s 絕對(duì)路徑 :給文件建立一個(gè)連接,可以直接調(diào)用(使用 ls -l 可以查看到)

vim 編輯文件

命令模式下可以對(duì)文件進(jìn)行復(fù)制领追、粘貼、刪除等
按 i 鍵進(jìn)行編輯模式(插入模式)遗遵,修改完后 esc 鍵退出到命令模式
保存修改需要按 :進(jìn)入末行模式痹屹,w 保存修改,q 退出

命令模式下
yy : 復(fù)制整行
2yy : 復(fù)制兩行
p : 粘貼
dd : 刪除整行
2dd : 刪除兩行
u : 撤銷
v 加 上下左右鍵進(jìn)行選擇轮洋,y 進(jìn)行復(fù)制制市,c 進(jìn)行剪切

壓縮和打包

.gz 文件 : gunzip 解壓 ,gzip 壓縮
.bz2 文件: bunzip2 解壓砖瞧,bzip2 壓縮

.tar 打包: tar -cvf 命名 文件
.tar 解包: tar -xvf 文件

.tar.gz 壓縮并打包:tar -zcvf 命名 文件
.tar.gz 解包并解壓:tar -zxvf 文件
.tar.bz2 壓縮并打包:tar -jcvf 命名 文件
.tar.bz2 解包并解壓:tar -jxvf 文件

上傳和下載數(shù)據(jù)

ftp 命令(下載別人服務(wù)器上的數(shù)據(jù))
sftp 用戶名@服務(wù)器地址 -p 端口號(hào) # 自己與服務(wù)器間的數(shù)據(jù)互傳
然后輸入密碼就可連接到遠(yuǎn)程ftp服務(wù)器上息堂。
pwd: 查看遠(yuǎn)程服務(wù)器所在目錄
lpwd:查看本地服務(wù)器目錄 # l 是 local 的意思
ls: 查看遠(yuǎn)程服務(wù)器文件
lls: 查看本地服務(wù)器文件
lcd: 進(jìn)入本地目錄
get: 下載文件到本地
put: 上傳文件到遠(yuǎn)程
exit: 退出

FileZilla 圖形界面FTP工具可以實(shí)現(xiàn)互傳

wget :從網(wǎng)頁(yè)下載數(shù)據(jù)
wgrt -c :文件較大時(shí),支持?jǐn)帱c(diǎn)續(xù)傳

如果文件較多,先使用 vim 寫(xiě)一個(gè) list 文件(.lst)荣堰,再使用 wget -i .lst 下載 list 文件中的所有鏈接

scp : 跨服務(wù)器拷貝
scp (目標(biāo))用戶名@服務(wù)器地址:文件路徑 (當(dāng)前)用戶目錄
需要另一臺(tái)服務(wù)器的密碼

用戶和權(quán)限

root : 超級(jí)管理員(最高權(quán)限)
su root : 切換到 root 賬戶
添加用戶分組:groupadd 組名
添加用戶: useradd 用戶名
刪除用戶:userdel 用戶名
添加用戶密碼: passwd 用戶名 然后設(shè)置密碼
root 切換到普通用戶:su 用戶名 # 不需要密碼
exit : 退出當(dāng)前用戶
useradd -g 組名 -m (創(chuàng)建用戶的同時(shí)創(chuàng)建用戶 home 目錄) -s /bin/bash (指定用戶的 shell , 一般選擇 /bin/bash ) 新用戶名
然后切換用戶后床未,cd ~ 就可以進(jìn)入新用戶的 home 目錄下
id :查看用戶信息

修改用戶分組:usermod -g 新組 -s /bin/bash 用戶名

Linux 用戶分類:
u : 屬主
g : 同組
o : 其他人

linux 權(quán)限分類:
r :可讀
w :可寫(xiě)
x :可執(zhí)行

chmod 修改權(quán)限
+:增加權(quán)限
-:去除權(quán)限
=:賦予權(quán)限

ll 查看文件詳情


ll 查看文件詳情

從左到右:
-rw-(-后前三位) 屬主權(quán)限(可讀可寫(xiě))
r--(中間三位)同組權(quán)限
r--(后三位)其他人權(quán)限

增加去除權(quán)限:
chmod o+w test.txt # o 代表其他人,+ 代表增加振坚,w 代表可寫(xiě)
對(duì)一個(gè)軟件修改執(zhí)行權(quán)限:
進(jìn)入軟件的 bin 目錄薇搁,然后安裝上面操作就可以

其他命令

ps #查看當(dāng)前終端的任務(wù),kill+編號(hào)可以直接刪除任務(wù)
top # 查看進(jìn)程
w #查看登錄的人
wc -l #查看有多少行
conda config --add channels #添加源
pwd #查看當(dāng)前路徑
sudo #權(quán)限
查找一個(gè)包的位置 which + 名字
清空屏幕 ctrl+l
less -S 查看文件不換行

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