不知不覺又過了一年，人總是容易懈怠和疲倦塞弊，但是每次想起來漱逸，還是之前認(rèn)認(rèn)真真學(xué)習(xí)記錄的時候最踏實。
今天記錄一下IQ TREE的使用
其實IQtree的網(wǎng)站做的很好游沿，很方便學(xué)習(xí)：http://www.iqtree.org/#download
他們的網(wǎng)站還提供了在線構(gòu)建進化的功能饰抒，通過web server 實現(xiàn)
我這里下載一個windos的練習(xí)一下
點擊download for windos
下載下來之后，解壓诀黍，然后設(shè)置環(huán)境變量
主要的執(zhí)行程序在bin文件夾中
這里通過網(wǎng)上的教程http://www.iqtree.org/doc/Quickstart#iq-tree-web-server
先用example data 來試運行一下：
中間的運行過程的參數(shù)會顯示在屏幕上并記錄下來袋坑，在不設(shè)置其他參數(shù)的情況下，他會自動比較計算各個模型：
結(jié)果主要是這四個文件眯勾，樹的文件為treefile結(jié)尾的
這個是文件夾中產(chǎn)生的文件：
接下來講一下幾個重要的參數(shù)：
1
iqtree -s example.phy
這個就是剛剛最原始的 直接出最佳模型的結(jié)果
Infer maximum-likelihood tree from a sequence alignment (example.phy) with the best-fit model automatically selected by ModelFinder
2
iqtree -s example.phy -m GTR+I+G
指定構(gòu)建進化樹的模型
Infer maximum-likelihood tree using GTR+I+G model
3
iqtree -s example.phy -m MF
只找最佳模型咒彤，不進行下游分析
Perform ModelFinder without subsequent tree inference:
4
iqtree -s example.phy -B 1000 -alrt 1000
多功能一體
Combine ModelFinder, tree search, SH-aLRT test and ultrafast bootstrap with 1000 replicates:
其他還有很多的功能疆柔，仔細(xì)閱讀說明，
最后镶柱，由于這個軟件融合了作者的多篇文獻(xiàn)旷档，涉及算法等，所以要引用多篇涉及的文獻(xiàn)歇拆，這些注意事項在網(wǎng)站上都有說明
