工具官網:https://rubd.github.io/Giotto_site/
代碼官網:https://github.com/RubD/Giotto/
簡介:
該分析模塊通過實現(xiàn)廣泛的算法來表征組織組成、空間表達模式和細胞相互作用的特征弯屈,從而提供 end-to-end 一條龍的分析流程
發(fā)表時間:08 March 2021
發(fā)表雜志:Genome Biology
文獻Doi : https://doi.org/10.1186/s13059-021-02286-2
發(fā)表作者:Guo-Cheng Yuan 美國達納-法伯癌癥研究所和哈佛醫(yī)學院兒科腫瘤系
主要分析內容點:
- clustering 空間數(shù)據聚類
- spatial enrichment 結合單細胞數(shù)據進行spot注釋
- spatital patterns 空間表達模式分析
- cell neighborhood 空間細胞臨近通訊分析
分析pipeline:
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