一. 背景
? ? ? ?不論內(nèi)行還是外行米碰，腫瘤早篩一直都是一個(gè)引人入勝的話題秆剪。雖然褒貶聲音不一猴誊，但隨著11月初國內(nèi)杭州XXX的“常衛(wèi)清”拿下單癌種早篩的IVD第一證；國外Grail宣布其泛癌種早篩產(chǎn)品Galleri?將于2021年以LDT模式正式推向市場，以人基因組層面的DNA突變，表觀遺傳笙僚，RNA表達(dá)等特征為突破口的腫瘤早篩已經(jīng)開始在爭議中走向落地應(yīng)用（圖1），同時(shí)一套另辟蹊徑的以宿主血漿微生物種類及豐度為研究對象的早篩研究在多個(gè)癌種中同樣展示出了對I,II,III,IV期腫瘤患者及健康人良好的分類效果（圖2）灵再，鑒于其思路新穎肋层，轉(zhuǎn)產(chǎn)成本相對低廉，我們使用其開源數(shù)據(jù)對該技術(shù)方法進(jìn)行重復(fù)測試翎迁，同選擇本地臨床樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行初步驗(yàn)證栋猖。
二. 開源數(shù)據(jù)方法學(xué)驗(yàn)證
2.1 使用原始測序數(shù)據(jù)建立生信分析流程，同時(shí)參考文章中的方法建立分類模型汪榔，以cfDNA樣本中數(shù)目較多的PRAD和HNRC組為測試集蒲拉，以TCGA數(shù)據(jù)挖掘?qū)?yīng)的該癌種和健康對照作為訓(xùn)練集，帶入分類模型揍异，通過曲線下面積全陨，召回率等指標(biāo)評估分類預(yù)測效果
2.2. 分類驗(yàn)證效果顯示，以TCGA數(shù)據(jù)為訓(xùn)練集衷掷，對研究中建庫測序方法下機(jī)數(shù)據(jù)顯示出良好的分類效果：召回率接近90%辱姨，敏感性超過80%；
三. 腫瘤panel原始測序數(shù)據(jù)可行性驗(yàn)證? ??
? ? ?3.1. 回溯比較微生物文章cfDNA數(shù)據(jù)及本地靶向捕獲測序cfDNA樣本中微生物的種類及豐度信息顯示：Panel測序數(shù)據(jù)中的微生物種類戚嗅，豐度均顯著低于文章研究數(shù)據(jù)—— a.在上游實(shí)驗(yàn)中的靶向捕獲步驟雨涛，將靶區(qū)域以外的宿主基因組信息連同大部分非人源的微生物信息一起倒進(jìn)廢液桶了?? b. 微生物建庫測序有其獨(dú)特的富集方法?
3.2. 為驗(yàn)證上述猜想枢舶，我們選取若干探針捕獲前的預(yù)文庫測序分析，顯示血漿中微生物的種類和豐度同時(shí)受捕獲和建庫富集方法兩種因素影響：
四. 討論：人基因組突變特征+微生物信息替久？? ?
面向特定癌種凉泄，采用cfDNA低深度WGS測序模式：結(jié)合（cfDNA片段長度，結(jié)構(gòu)變異）聯(lián)合微生物種類及豐度信息進(jìn)行早篩預(yù)測蚯根？
