0.參考文獻:
B?ckhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Kovatcheva-Datchary, P., et al. (2015). Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host Microbe 17, 690–703. doi: 10.1016/j.chom.2015.04.004
可以參考這個流程
http://www.reibang.com/p/18995c6064be
1.這里我們使用別人打包的軟件
https://github.com/jameslz/biostack-suits
下載那個 biostack-suits 的 release 包, 里面是tsv-utils就是用到的工具
wget https://github.com/jameslz/biostack-suits/releases/download/biostack-suits-0.0.2/biostack-suits-0.0.2-x86_64.tar.gz
tar -zxvf biostack-suits-0.0.2-x86_64.tar.gz
2.輸入文件有兩個
不同樣本K號的豐度表
樣本分組表
./tsv-utils view -c 輸入文件1 | \
./tsv-utils trim - 0 | \
./tsv-utils groupline -r 輸入文件2 - | \
./rscore-tk ttest -p 1 - Basalt Chalk | \
./rscore-tk bh - | \
./rscore-tk zscore - | \
./rscore-tk rscore path_stat_KO.xls - | \
./tsv-utils view -c - > path.report_score.txt
#假設(shè)我的兩個分組分別叫Basalt和Chalk
#請注意./rscore-tk ttest -p 1 - Basalt Chalk | \這一行
#如果順序是Chalk Basalt 負數(shù)表示Chalk高；正數(shù)表示Basalt高
#如果順序是Basalt Chalk 負數(shù)表示Basalt高雷客；正數(shù)表示Chalk高
