全基因組關(guān)聯(lián)分析 GWAS (Genome-wide association study)
應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的單核苷酸多態(tài)；SNP為分子遺傳標(biāo)記，進(jìn)行全基因組水平上的對(duì)照分析或相關(guān)性分析，通過(guò)比較發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜性狀的基因變異的一種新策略
1岩瘦、關(guān)聯(lián)分析模型
一般線性模型(GeneralLinear Model)：y = Xα + Zβ + e
混合線性模型(Mixed Linear Model)：y = Xα+ Zβ + Wμ+ e
y:所要研究的表型性狀；
Xα：固定效應(yīng)（FixedEffect），影響y的其他因素厢拭，包括群體結(jié)構(gòu)、性別撇叁、年齡等因素供鸠；
Zβ：標(biāo)記效應(yīng)（MarkerEffect）；
Wμ：隨機(jī)效應(yīng)（RandomEffect）陨闹，這里一般指?jìng)€(gè)體的親緣關(guān)系楞捂。
2、關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)方法
Bayes：Bayes A趋厉、Bayes B寨闹、Bayes C、Bayes Cpi
統(tǒng)計(jì)軟件：GenSel君账、GenABEL繁堡，均為R程序包。
CMLM (Compressed Linear Mixed Model)
統(tǒng)計(jì)軟件：GAPIT杈绸、TASSEL
EMMAX (Efficient Mixed Model Association)
統(tǒng)計(jì)軟件：emmax
GBLUP（Genomic Best Linear Unbiased Prediction）：專門(mén)用于Genomic prediction
統(tǒng)計(jì)軟件：ASReml
3.數(shù)量性狀
指?jìng)€(gè)體間表現(xiàn)的差異只能用數(shù)量來(lái)區(qū)別帖蔓，變異呈連續(xù)性的性狀。它具有兩個(gè)主要特征：變異呈連續(xù)性瞳脓，變異易受環(huán)境條件影響塑娇。其主要特征有：①個(gè)體間差異很難描述，需要度量劫侧；②在一個(gè)群體中埋酬，變異呈連續(xù)性哨啃；③數(shù)量性狀常受多基因控制；④數(shù)量性狀對(duì)環(huán)境影響敏感
4.質(zhì)量性狀(discrete characters )
指屬性性狀写妥，即能觀察而不能量測(cè)的性狀拳球，是指同一種性狀的不同表現(xiàn)型之間不存在連續(xù)性的數(shù)量變化，而呈現(xiàn)質(zhì)的中斷性變化的那些性狀珍特。按所屬學(xué)科不同有三項(xiàng)不同定義祝峻。在單基因遺傳病中，基因型和表現(xiàn)型之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系較為明顯扎筒，因此這一性狀的變異在群體中的分布往往是不連續(xù)的莱找，可以明顯地分為2~3群，所以單基因遺傳的性狀也稱質(zhì)量性狀嗜桌。
5.Hardy-Weinberg equilibrium (HWE)
在理想狀態(tài)下奥溺，各等位基因的基因頻率以及基因型頻率在遺傳中是穩(wěn)定不變的，即保持著基因平衡骨宠。
HWE有助于確定有明顯基因分型錯(cuò)誤的SNPs浮定，因此要求位點(diǎn)SNP的等位基因頻率符合哈代-溫伯格平衡。
6.QQ plot的圖形解讀
