GO空扎、KEGG藏鹊、GSVA、GSEA | 多種富集方法該如何選擇

我個人看法转锈，不一定對哈盘寡，首先，GSEA和GSVA不是一回事撮慨，不能放在一起說竿痰。

  1. GSVA主要是通過感興趣的基因集來劃分樣本，有樣本基因表達譜和一個感興趣的基因集的情況下選GSVA

  2. 而GSEA是已知兩組樣本差異砌溺，看差異基因上下調(diào)關(guān)系與通路的富集關(guān)系影涉，提供正負相關(guān)方向性

  3. 同時再來講KEGG、GO和GSEA：在有l(wèi)ogFC的情況下规伐，選GSEA蟹倾，無logFC選GO和KEGG。因為KEGG和GO是分析不出來是上調(diào)基因富集還是下調(diào)基因富集楷力，而GSEA能夠利用的信息（logFC）更多喊式，結(jié)果提供的信息也更多

  4. 需要繪制KEGGpathwayview的話也可以用KEGG分析

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