環(huán)境：
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版本：
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library(TCGAbiolinks)
> projects <- TCGAbiolinks::getGDCprojects()$project_id
> projects <- projects[grepl('^TCGA', projects, perl=TRUE)]
> projects
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測試一個下載纠俭，發(fā)現(xiàn)直接就有按照層次命名好的目錄
query <- GDCquery(project = "TCGA-OV",
data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification",
workflow.type = "STAR - Counts")#GDC在2022.3.28更新了沿量，workflow.type只能選擇STAR - Counts
GDCdownload(query)
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只支持star
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嘗試全部下載到默認位置并使用默認命名
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有多種類型數(shù)據(jù)
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命名也很全
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臨床數(shù)據(jù)
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直接下載的表達數(shù)據(jù)中就包含臨床數(shù)據(jù)
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看重合
表達
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臨床
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做生存分析時的參數(shù)選擇：
vital_status
OS.time: 當患者dead時，days_to_death為OS.time冤荆；當患者alive時朴则，days_to_last_follow_up為OS.time
