前不久才剛總結完大豆T2T基因組：哪個才是首個（中國）大豆的T2T基因組版本钞钙？迫皱，誰能想到最近又出來一個大豆品種Jack的T2T基因組狸涌。
基本信息
標題: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品種Jack的完整參考基因組)
雜志：Plant Communications,2023
通訊作者: 張建偉笼沥， Monica A. Schmidt
單位：華中農業(yè)大學
推測分析基本上是張建偉老師團隊做的爬舰，另一通訊提供了材料抄罕。
背景
大豆是一種全球性的商品毫痕，因其可食用的蛋白質和植物油而受到青睞征峦。第一個大豆基因組組裝的栽培品種是Williams 82 (WM82)迟几，不同品種/種源/栽培品種之間的變異性表明需要獲取常用大豆品種的基因組信息。
CRISPR/Cas基因組編輯技術的進展強調了提高大豆轉化效率仍然是實現(xiàn)其功能基因組學應用的最大障礙栏笆。大豆品種Jack由于其適應性強类腮、易于操作和快速再生等特點，已成為研究大豆種子特性的理想品種蛉加，被廣泛用作開發(fā)新種子性狀的模型蚜枢。
方法
PacBio HiFi等數(shù)據(jù)和enome Puzzle Master；DEGAP（自己開發(fā)的针饥？）等軟件組裝厂抽。
熒光原位雜交（FISH）來驗證Chr10三聯(lián)體（該基因組在Chr10特有的三重重復區(qū)）。
將完整的組裝Gmax-GtJack-RS1與多個已知的大豆基因組進行比較丁眼，包括WM82筷凤、WM82-NJAU、JD17和ZH13苞七。鑒定出了各種結構變異藐守，如倒位、易位和重復莽鸭。此外吗伤，通過PCR驗證，確認了Jack基因組中插入缺失的存在硫眨。
結果
完整的大豆Jack基因組分五個階段進行組裝足淆。組裝大小1,011,764,152bp。
BUSCO評估98.3%礁阁，組裝的錯誤率低于0.03%巧号。
鑒定了所有著絲粒，估計222個基因位于這個高度重復的著絲粒區(qū)域內姥闭，有23個基因位于高度重復的端粒區(qū)域丹鸿。
Jack基因組中的一個基因的破壞導致編碼蛋白與WM82相比出現(xiàn)了明顯的結構變化。Jack基因組還包含與WM82組裝中未解決區(qū)域相對應的基因棚品。
轉座子元件（TE）和其他重復序列的大豆品種Jack基因組注釋鑒定了266,033個TE靠欢，共構成360,889,913bp。
在完整的大豆品種Jack基因組中铜跑，有63703個基因被注釋门怪。與已發(fā)表的Wm82.a4.v1注釋相比，16,914個被認為是新注釋的基因锅纺，因為它們在Wm82注釋中沒有同源物掷空。其中一些基因反映了這兩個品種之間的獨特差異，包括具有獨特功能的逆轉錄酶和細胞色素P450。
與WM82基因組的成對比較顯示了差異基因數(shù)坦弟，Jack基因組揭示了337個以前在重復區(qū)域中未解決的基因护锤，包括WM82中的著絲粒、端粒和間隙區(qū)域酿傍。
[圖片上傳失敗...(image-d02b6f-1704807563785)]
碎碎念
在T2T和泛基因組的路上烙懦，肯定還有不少撞車的。像這篇文章還好拧粪，有自己獨特的品種特性修陡，不至于跟主流參考基因組發(fā)生直撞。如果是同一品種可霎，就自認倒霉吧魄鸦。
所以，我們在做這種項目之前癣朗，最好還是打聽打聽拾因，不然容易費錢費力不討好。另外旷余，這Plant Com這么好發(fā)的嗎绢记？
