① 下載得到對象
- gds858 <- getGEO(‘GDS858’, destdir=“.”) ##根據(jù)GDS號(hào)來下載數(shù)據(jù)丸相，下載soft文件
- gpl96 <- getGEO(‘GPL96’, destdir=“.”) ##根據(jù)GPL號(hào)下載的是芯片設(shè)計(jì)的信息李破！
- gse1009 <- getGEO(‘GSE1009’, destdir=“.”)##根據(jù)GSE號(hào)下載數(shù)據(jù)，下載_series_matrix.txt.gz
- 下載的文件都會(huì)保存在本地逢享，destdir參數(shù)指定下載地址蜻展。
比較重要的三個(gè)參數(shù)是：GSEMatrix=TRUE,AnnotGPL=FALSE,getGPL =TRUE - getGEO打開本地?cái)?shù)據(jù)：gds858 <- getGEO(filename=‘GDS858.soft.gz’)
②不同對象處理方式
- 下載GDS和GPL得到的對象很復(fù)雜影钉，用Table(gds858)可以得到表達(dá)矩陣患民； 用Meta(gds858)可以得到描述信息
- 下載GSE ：處理函數(shù)有g(shù)eneNames/sampleNames/pData/exprs(這個(gè)是重點(diǎn)，對expression set 對象的操作函數(shù))
