軟件管理Miniconda
最方便快捷的軟件下載器限佩，相當于App store脱惰，一鍵安裝分尸。日常生信使用小而精的Miniconda即可??
安裝Miniconda
百度/谷歌搜索“miniconda 清華”
=》進入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
=〉接下來撑帖，查看自己服務器是多少位的：輸入命令 uname -a
=》安裝python3.6對應的版本
=〉右鍵-復制下載鏈接
cd ~/biosoft
用wget命令
wget 剛才復制的下載鏈接
「for Windows」粘貼不是搀绣，選中蔓彩，鼠標左鍵點右鍵點
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活source ~/.bashrc來激活conda
命令行輸入conda峡钓，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了
如果報錯source ~/.bashrc
添加鏡像—
把下面的代碼一行一行復制到命令行易迹，粘貼巾遭、回車
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
官方channel：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk
清華源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
騰訊源
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
已添加的channel里查看
vim ~/.condarc
使用Miniconda
查看當前所有軟件列表 conda list
搜索軟件 conda search XXX
安裝軟件 conda install XXX -y
卸載軟件 conda remove XXX -y
安裝命令:conda install gatk
which 軟件名”來查看該軟件安裝的位置：which gatk
安裝特定的版本:conda install 軟件名=版本號 conda install gatk=3.7
查看已安裝軟件:conda list
更新指定軟件:conda update gatk
卸載指定軟件:conda remove gatk
環(huán)境“conda environment”肉康。
生信中，需要分析轉(zhuǎn)錄組灼舍、基因組組裝吼和、重測序等多個項目。每一個項目都需要不同的軟件骑素，另外軟件之間的結合也是需要版本要求的 分身ｌ排摇！按照項目献丑，定制不同的分身末捣，安裝不同的軟件，互不擾创橄。
查看當前conda環(huán)境conda info --envs (前面帶*的就是默認的)
退出conda環(huán)境： . ./deactivate
（base）這是conda的基本環(huán)境
conda create -n python2 python=2
-n: 設置新的環(huán)境的名字
python=2 指定新環(huán)境的python的版本
conda會創(chuàng)建一個新的python2的環(huán)境箩做，并且會很溫馨的提示你只要輸入conda activate python2就可以啟動這個環(huán)境了
退出環(huán)境 conda deactivate
刪除環(huán)境conda remove -n myenv --all
重命名環(huán)境
原理是先克隆一個原來的環(huán)境，命名成想要的名字妥畏，再把原來的環(huán)境刪掉即可
接下來演示把一個原來叫做py2的環(huán)境重新命名成python2：
conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all
查看當前conda環(huán)境conda info --envs (前面帶*的就是默認的)
