前面給大家介紹了孟德?tīng)栯S機(jī)化的概念和它所包含的內(nèi)容以及一些注意事項(xiàng)，忘記的同學(xué)可以復(fù)習(xí)一下哦（一文帶你讀懂孟德?tīng)栯S機(jī)化 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)）袍镀。
那么今天就要帶著各位同學(xué)實(shí)際操作一下刘莹，我們?nèi)绾芜M(jìn)行孟德?tīng)栯S機(jī)化分析祝沸。（這里我們以抑郁癥為暴露因素使套，前列腺癌為結(jié)局帶著大家進(jìn)行操作）
#第一步病往，下載安裝R包
install.packages("remotes")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
BiocManager::install("VariantAnnotation")
BiocManager::install("gwasglue")
#讀取R包
library(TwoSampleMR)
library(VariantAnnotation)
library(gwasglue)
#第二步讀取暴露數(shù)據(jù)
#在線讀取
exposure_dat <- extract_instruments("ukb-b-18336")
#參數(shù)默認(rèn)為P=5*10-8美尸，r方=0.001冤议，kb=10000
注：（在線讀取的數(shù)據(jù)來(lái)自于IEU數(shù)據(jù)庫(kù)（https://gwas.mrcieu.ac.uk/），
其他數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)需先下載本地讀入）
#本地讀取
bim_vcf <- readVcf("ukb-b-18336.vcf.gz")
a <- gwasvcf_to_TwoSampleMR(vcf=bim_vcf,type="exposure")
b<-subset(a,P<5e-8)
write.csv(b, file="exposure.csv")
（#此步驟是最不同于在線讀取的地方师坎。我們需將寫出的文件恕酸，整理為下方代碼讀取的格式，然后放在TwoSampleMR包所在的位置處）
bmi<-system.file("exposure.csv",package="TwoSampleMR")
bmi_exp_dat<-read_exposure_data(filename = bmi,sep =",",snp_col ="SNP",beta_col="beta",se_col="standard_error",effect_allele_col="effect_allele",other_allele_col="other_allele",clump = TRUE)
#第三步提取結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)
outcome_dat<-extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP,outcomes="ukb-b-13348")
#第四步胯陋，將暴露數(shù)據(jù)和結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)合并
dat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)
#第五步蕊温，孟德?tīng)栯S機(jī)化分析
mrResult=mr(dat)
#對(duì)結(jié)果進(jìn)行OR值計(jì)算
mrTab=generate_odds_ratios(mrResult)
#異質(zhì)性分析
heterTab=mr_heterogeneity(dat)
#多效性檢驗(yàn)
pleioTab=mr_pleiotropy_test(dat)
#繪制散點(diǎn)圖
mr_scatter_plot(mrResult, dat)
#漏斗圖
mr_funnel_plot(singlesnp_results = res_single)
#留一法敏感性分析
mr_leaveoneout_plot(leaveoneout_results = mr_leaveoneout(dat))
小結(jié)：我們?cè)谧x取孟德?tīng)栯S機(jī)化數(shù)據(jù)的時(shí)候，一般有兩種讀取方式惶岭，包括在線讀取和本地讀取方式寿弱。通常建議初學(xué)者可以先使用在線讀取方式進(jìn)行練習(xí)，然后在進(jìn)行本地讀取按灶。而這兩種方式的區(qū)別就是我們?cè)诰€讀取的數(shù)據(jù)一般比較久遠(yuǎn)症革，而本地?cái)?shù)據(jù)讀取可能因?yàn)閿?shù)據(jù)保存的格式不同，整理起來(lái)稍顯麻煩鸯旁。好了噪矛，今天的分享就到這里量蕊，感興趣的小伙伴趕緊練習(xí)起來(lái)吧。
